Regnskogøkosystemer gir hjemmet til noen av de mest tette og varierte dyresamfunnene på jorden. Imidlertid blir regnskogene stadig utnyttet for sine rike ressurser. Menneskelig praksis som gruvedrift og avskoging har alvorlige effekter på disse habitatene, og får utallige dyrearter til å miste hjemmene i en alarmerende hastighet.
Fugler
Flere arter av tukaner, papegøyer og andre tropiske fugler i den sørlige og sentralamerikanske regnskogen er truet av utryddelse på grunn av hogst og andre årsaker til avskoging. Harpeørn, en av de største kjente ørneartene over hele verden, trives i tropisk regnskog lavland fra sørlige Mexico til østlige Bolivia; denne fuglens habitat krymper stadig på grunn av tydelig avskogingspraksis, samt ødeleggelse av hekkeplasser fra industriell praksis som gruvedrift og oljeboring. Tap av habitat truer også tusenvis av trekkfuglearter. Disse artene reiser nordover i løpet av den nordamerikanske sommeren og tilbake til tropene om vinteren; flere og flere kommer tilbake hvert år for ikke å finne noe hjem og / eller ødelagte hekkeplasser.
Pattedyr
Et bredt spekter av pattedyrarter mister hjemmene sine i regnskogen, fra den minste gnageren til den største rovdyret. Mange større pattedyr trenger god plass til fôr og / eller jakt. Etter hvert som industriell praksis utvikler seg i visse områder, må regnskogspattedyr som gorillaer, jaguarer og pumas begrense seg til fragmenterte habitater med utilstrekkelige ressurser. Avskoging påvirker arborale pattedyr mest direkte (de som bor i trærne), som flygende ekorn og fruktfladder, samt flere arter av aper. Hele samfunn blir liggende hjemløse, og tvinger dem til å tilpasse seg til treløse miljøer de ikke er forberedt på.
Reptiler og amfibier
Avskoging er den viktigste årsaken til tap av habitat for de fleste regnskogskrypdyr, mens mange arter av amfibier også mister hjemmene sine pga. oljeboring og gruvedrift som forurenser dammer, elver og bekker, og tvinger dem til å finne nye vannkilder for deres halvkvatiske livsstil. Truede og truede krypdyr- og amfibierarter inkluderer den gyldne padden, Madagaskar-daggekko og leguaner, samt flere arter av giftdartfrosker, særlig de i Colombia.
