Flaggermus lever i regnskog over hele verden, fra Australia til Afrika og Mellom-Amerika. I disse områdene er de noen av de rikeste dyrene som finnes. I tillegg til antallet er de også gunstige for økosystemet. Flaggermus er imidlertid ikke uten fiender og kan bli byttedyr for forskjellige skapninger som holder til i regnskogen. Rovdyr vil forfølge flaggermus og mate på dem der de bor eller til og med midt på flyet.
Falske vampyr flaggermus
Den falske vampyrfladdermusen, også kjent som den spektrale flaggermusen, er en alteter som er kjent for å bytte på andre flaggermus. Den kan ha et vingespenn på 30 tommer eller lenger. Det kalles den falske vampyrfladdermus på grunn av sine lange hundetenner som feilaktig har fått folk til å tro at det er en vampyrfladdermus og at den drikker blod. Det antas at denne typen flaggermus jakter andre flaggermus ved å bruke den forbedrede luktesansen.
Slanger
Til tross for manglende evne til å fly, har slanger som boa-constrictors muligheten til å drepe og spise flaggermus. På grunn av en slanges evne til å manøvrere og nå høyere områder i regnskogen, kan de ofte angripe flaggermus der de hviler når andre landlevende rovdyr ikke kan. Det er også kjent at slanger bytter på flaggermus som fruktfladder mens de er i trær som spiser.
Rovfugler
Rovfugler, som rovfugler, er noen av de vanligste rovdyrene til flaggermus. Dette er delvis på grunn av deres evne til å forfølge flaggermus som er på flukt. Baldakiner, for eksempel, blir byttedyr til ugler som også er aktive om natten og som ofte tar dem mens de flyr. For å redusere angrep av visse nattflygende fugler, kan flaggermus vise månefobi, eller redusere nattaktivitet når det er fullmåne. Ørner og hauker bytter også på flaggermus som vampyrfladdermus.
Opossums og villkatter
I regnskogen spiser opossums ofte fruktfladder. De vil vente på dyret i nærheten av frukttrær, ellers vil de fange flaggermusen mens det er i ferd med å spise. Opossums vil også vente på at flaggermus skal dukke opp der de bor. Denne typen dyr er også kjent for å spise hvite flaggermus fra Honduras. Katter av regnskogen, som ocelot, vil også bytte flaggermus for mat hvis de kommer over dem.