Et økosystem er definert som et samfunn av dyr, planter og mikroorganismer som overlever og samhandler med hverandre i samme miljø. Økosystemer kan være små og store. Et eksempel er et skogøkosystem som er bebodd av levende ting som eksisterer sammen med fysiske faktorer i miljøet, som temperatur, sollys og oksygen. Skogsøkosystemet avhenger av tilgjengeligheten av store ressurser for å trives.
Skogtaket er et viktig trekk ved et skogøkosystem. Det gjelder den øverste delen av et fellesskap av trær eller plantekroner. En skogsbaldakin fungerer som grensesnittet mellom atmosfæren og landet. Baldakinen er også det øvre habitatet for andre biologiske organismer i et skogøkosystem. Den består for det meste av store trær. Strukturen til skogkalesjen er ikke den samme i hvert skogøkosystem fordi det avhenger av tilgjengeligheten av næringsstoffer, trearrangement og forskjeller i biologiske arter. Mer enn halvparten av planteartene finnes i et skogøkosystem, så biologisk mangfold er størst i skogtaket. De fleste organismer er i stand til å overleve i skogkalesjen fordi den er direkte utsatt for sollys og regnvann.
Skogbunnen er det mest særegne trekk ved et skogøkosystem. Den består av fallne blader, stilker, kvister, grener og bark på jordoverflaten. En skogbunn inneholder også organiske og uorganiske stoffer. Mange levende organismer, som sopp, bakterier og andre mikroorganismer, bor i skogbunnen. Den er rik på næringsstoffer og mineralinnhold. Skogsbunnen har en viktig rolle i overføringen av næringsstoffer i skogens økosystem. Det meste av karbon og energi fra skogens økosystem tilføres skogsbunnen over tid. Flertallet av næringsstoffer i skogøkosystemet kommer fra skogbunnen på grunn av nedbrytning av organiske stoffer.
Jorden er et trekk ved et skogøkosystem som påvirkes av endringene i klima, geologi, mengde nedbør og vegetasjon. Jorden i tempererte skoger er mer fruktbar fordi trærnes blader faller til bakken hvert høst. Dette kullet bidrar til lagene av organisk materiale som finnes i skogjord. De gamle bladene blir en kilde til mat for bakterier og sopp. Disse organismene letter nedbrytingen av bladene og annet organisk materiale. Nedbrytning beriker skogjorda ettersom den gir mer næringsstoffer til de levende trærne og plantene i skogens økosystem. Jorda i tropiske regnskoger har imidlertid dårlig kvalitet på grunn av voldsomme regnvær. Det konstante regnet eroderer og løser opp næringsstoffer i jorden før trærne kan dra nytte av dem.