Filippinene er et land rikt på biologisk mangfold og endemisme, med mange naturressurser som bidrar til økonomien og lokalsamfunn. Strandlinjene og kysthabitatene er av spesiell betydning, med fiskeri, jordbruk og industri som alle er avhengige av landets vannveier og marine miljø. Trusler mot tap av habitat og biologisk mangfold kommer fra ulike metoder, inkludert landrydding, uholdbart fiske og forurensning.
Tap av skogdekke
Mellom 2000 og 2005 mistet Filippinene litt over to prosent av skogdekket i året. Dette var den nest høyeste satsen i Sørøst-Asia. Fra 2005 ble det antatt at bare tre prosent av primærskogen var igjen. Rask avskoging resulterer i ulike trusler mot økosystemet, inkludert tap av biologisk mangfold, jorderosjon, flom, ras og redusert vannkvalitet. Skog er truet av kommersiell gruvedrift og hogst.
Nedbrytning av korallrev
Filippinene er et globalt senter for biologisk mangfold i marin strandlinje. Ulovlig innsamling og eksport av koraller og levende revfisk har resultert i betydelige skadelige effekter på biologisk mangfold, korallrevstilstand, sjøgressdekning og fisketall. Bare 5 prosent av skjær beholder over 75 prosent levende koralldekning. Destruktive fiskemetoder inkluderer overfiske, trålfiske, dynamittfiske og cyanidfiske, der cyanid er oppløst i vann og spruter i skjær, mens andre trusler kommer fra forurensning og erosjon.
Trusler mot mangrover
Trusler mot mangrover inkluderer høsting, forurensning og landklaring for jordbruk og bosetning. Rekedrift fører til nesten irreversibel og økonomisk kostbar skade på området, noe som er enda mer bekymringsfullt fordi rekefarmene blir ulønnsomme etter bare tre til fem år. Mangroveødeleggelse er også knyttet til korallrevnedbrytning, da skjær beskytter mangrovene mot sterke bølger og strømmer som vasker bort det fine sedimentet som mangrover vokser på.
Tap av biologisk mangfold
Filippinene regnes som et megabiodiverse land. Den har mye unik flora og fauna; faktisk er nesten halvparten av landlevende virveldyr og opptil 60 prosent av dets vaskulære planter unike for landet. Frekvensen av tap av biologisk mangfold gjenspeiles i noen sjokkerende funn. Fra og med 2006 ble litt over 20 prosent av virveldyreartene vurdert som truet av International Union for Conservation of Nature. Rundt 127 fuglearter anses å være truet, og den innfødte filippinske kakaduen, som en gang var utbredt, er nå kritisk truet.
