Patogener er mikrober som forårsaker sykdom hos vertene sine. Mens planter vanligvis har mer å frykte fra jordbårne patogene sopp enn fra jordbårne bakteriesykdommer, forårsaker også en rekke patogene bakterier som lever i jord sykdom i planter. Det er for mange arter av jordplantepatogener til å liste dem alle, men følgende er noen av de viktigste eller vanligste. Noen få arter av bakterier i jorden kan også være farlige eller til og med dødelige.
Clostridium botulinum
C. botulinum er en gram-positiv bakterie (dvs. en bakterie som tester positivt på Gram-fargingstesten) som danner hardføre, holdbare sporer. Når sporene finner de rette forholdene, spirer de og begynner å vokse. De kan produsere et dødelig protein kalt botulinumtoksin, som virker på nervesystemet hos mennesker og andre pattedyr for å blokkere frigjøring av en viktig nevrotransmitter kalt acetylkolin. C. botulinumsporer finnes i jord og vann i mange regioner rundt om i verden. De er anaerobe og vokser bare i fravær av oksygen; sure forhold hemmer veksten. Selv om C. botulinum forårsaker noen ganger dødelige tilfeller av en matbåren sykdom som kalles botulisme, det kraftige toksinet produsert av bakterie har også blitt nyttig for lammende muskelvev hos mennesker som en del av forskjellige medisinske eller kosmetiske midler prosedyrer. Når det brukes som et terapeutisk middel, er botulinumtoksin kjent under handelsnavnet Botox.
Erwinia carotovora
E. carotovora er et svært destruktivt patogen som forårsaker sykdom i et bredt spekter av planter, inkludert poteter og de fleste andre kjøttfulle grønnsaker. Denne gramnegative, stavformede bakterien kan invadere avlingene i marka eller under lagring. Underarten E. carotovora carotovora overlever godt i jord og overflatevann; den kan vokse i rotsonene til mange andre ikke-hosteavlinger eller til og med ugressarter, invadere poteter eller andre sårbare avlinger når muligheten gir det. Vanlige potetsykdommer forårsaket av E. carotovora inkluderer blackleg, aerial stem rot og tuber soft rot.
Streptomyces scabies
Streptomyces scabies er gram-positive bakterier som sammen med to andre Streptomyces-arter (S. acidiscabies og S. turgidiscabies) kan infisere poteter og andre rotvekster som rødbeter, reddiker, kålrot, gulrøtter og pastinakk. Det er uvanlig at når det vokser, danner cellene filamenter som ligner på de som dannes av sopp - om enn langt mindre. Filamenter av S. scabies kan deretter bryte av for å danne sporer. Bakteriene spredte seg ved å invadere unge, ferske vev og få tilgang til eldre vev ved hjelp av sår eller naturlige åpninger.
Xanthomonas
Xanthomonas er en slekt som inneholder mange viktige plantepatogener. Selv om de ikke vedvarer veldig lenge i jorden, kan noen arter overleve i jorden over vinteren og infisere en ny avling om våren. Som alle andre proteobakterier er de gramnegative. Arten X. campestris forårsaker svartråte i et bredt utvalg av planter og er kanskje det viktigste medlemmet av slekten. Ironisk nok dyrkes den samme bakterien kommersielt for å produsere xantangummi, et vanlig tilsetningsstoff.