Volgens de VN-universiteit leeft slechts vijf procent van de schimmels in de wereld in de oceanen. In vergelijking met andere omgevingen zijn de oceaanomstandigheden relatief stabiel, maar er zijn maar weinig schimmels - behalve gisten - gevonden die vrij in het water drijven. De meeste oceaanschimmels leven van dieren en planten, of dode en rottende materie. De bekende soorten zeeschimmels kunnen op verschillende manieren worden gegroepeerd.
Voorkeurshabitat
Sommige zeeschimmels groeien en produceren alleen sporen in de oceanen of estuaria. Deze obligate zeeschimmels zouden niet overleven op het land of in zoet water. Bovendien brengen ze meestal hun hele of een deel van hun levenscyclus door in water. Andere schimmels die in de oceaan leven, komen eigenlijk uit zoetwater- of landomgevingen. Deze facultatieve mariene schimmels kunnen in de oceaan groeien, maar mogen daar geen sporen produceren.
Sporenproductie
Mariene schimmels kunnen worden gegroepeerd op de manier waarop ze zich voortplanten. De Basidiomyceten produceren hun sporen in speciale cellen die basidia worden genoemd. De Ascomycetes daarentegen produceren hun sporen in een interne zak die een ascus wordt genoemd. In tegenstelling tot de andere twee soorten planten mitosporische schimmels zich ongeslachtelijk voort, wat betekent dat ze nakomelingen produceren die identiek zijn aan de ouders. Deze schimmels bestaan uit de Hyphomycetes en Coelomycetes.
Voedselbron
Omdat de meeste zeeschimmels niet vrij in de oceaan drijven zoals plankton, gebruiken ze andere organismen als voedselbron. Parasitaire zeeschimmels voeden zich met levende organismen, waaronder dieren, schelpen en algen. Saprofytische - ook bekend als saprobe - schimmels halen hun voeding uit rottende materie, zoals dieren, schelpen, algen, planten of hout. Daarnaast is er een speciale klasse schimmels, de korstmossen, die bestaan uit schimmels met algencellen erin die zonlicht omzetten in energie.
Ziekte
Net als op het land veroorzaken sommige schimmels die in de oceanen leven ziekten bij dieren die daar leven. Deze schimmelziekten treffen vissen, weekdieren, schaaldieren en koralen, inclusief populaties dieren die door mensen als voedsel worden gebruikt. Schimmels in de oceaan zijn zelden schadelijk voor planten, hoewel er gevallen zijn gemeld van schimmels die moerasgrassen en mangrovevegetatie infecteren. Schimmels infecteren vaak zeealgen, diatomeeën en cyanobacteriën.