Het ecosysteem van Florida Keys bestaat uit diverse habitats, waaronder mangroven, koraalriffen en pijnbomen, die rijk zijn aan unieke soorten. Ook mensen maken deel uit van het ecosysteem en hun activiteiten beïnvloeden alle habitats en de dieren en planten die ze bewonen. Het Keys-ecosysteem bestaat uit een klein stuk land, daarom worden de effecten van menselijke activiteiten vergroot. Gevolgen zijn onder meer watervervuiling, toename van invasieve soorten, overbevissing, negatieve effecten van varen en stedelijke ontwikkeling, en wereldwijde klimaatverandering.
De menselijke bevolking van het gebied dat bekend staat als Zuidoost-Florida of de Florida Keys is tussen 1970 en 2008 met meer dan 3,9 miljoen gegroeid. Sinaasappelboomgaarden hebben plaatsgemaakt voor woningbouw, winkelcentra, industrie en snelwegen. Deze veranderingen hebben geleid tot de vernietiging van natuurlijke habitats. Daarnaast is de watervervuiling toegenomen, veroorzaakt door rioolwaterzuivering en septische overloop en regenwater dat olie, pesticiden en zware metalen bevat.
In 2010 waren er 3,8 miljoen bezoekers aan de Keys. Veel van deze bezoekers hielden zich bezig met activiteiten zoals vissen. Naast toeristen en bewoners die zich bezighouden met deze recreatieve activiteiten, is commerciële visserij een grote industrie in het gebied. Door overbevissing zijn soorten in het Keys-ecosysteem uitgeput, waardoor kleinere vissen zijn overgebleven en de interacties van het complexe voedselweb zijn veranderd.
Varen in het gebied heeft niet alleen geleid tot directe verwondingen aan zeekoeien veroorzaakt door propellers, maar propellers hebben ook grote delen van het zeegras beschadigd. Boten lopen aan de grond en beschadigen koraalriffen terwijl ankers over deze delicate formaties schrapen. Elk jaar vinden er meer dan 500 aardingen plaats in de Keys. Dit vernietigt habitat en heeft een negatieve invloed op de hele voedselketen, wat leidt tot verder verlies van soorten.
Terwijl mensen zich verplaatsen, brengen ze soorten mee uit andere gebieden die in het ecosysteem kunnen worden vrijgelaten. Deze soorten kunnen hun intrek nemen en omdat ze geen roofdieren hebben, worden ze zeer succesvol, concurreren ze inheemse soorten weg en veranderen ze de dynamiek van het hele ecosysteem. Invasieve dieren en planten in de Florida Keys zijn de koraalduivel en Guinea-gras. Naast al deze lokale directe en indirecte effecten, wordt voorspeld dat de effecten van het broeikaseffect de wateren zullen opwarmen het gebied met 4 tot 10 graden Fahrenheit en de zeespiegel verhogen, waardoor mogelijk veranderingen optreden die te snel gaan voor het ecosysteem om reparatie.