Het primaire effect van vernietiging van habitats is een vermindering van de biodiversiteit, wat verwijst naar de variëteit en overvloed van verschillende soorten dieren en planten in een bepaalde omgeving. Wanneer een dier het natuurlijke huis of leefgebied verliest dat het nodig heeft om te overleven, neemt zijn aantal snel af en gaat het naar uitsterven. Geschat wordt dat 14.000 tot 35.000 soorten het risico lopen uit te sterven, en vernietiging van habitats is een van de belangrijkste oorzaken.
Bestuiving en zaadverspreiding
Zowel wilde planten als landbouwgewassen zijn voor hun voortplanting afhankelijk van bestuiving. Groenten en fruit, belangrijke componenten van het menselijke dieet, zijn afhankelijk van bijen en andere insecten om stuifmeel van bloem naar bloem over te brengen. Wanneer habitatvernietiging de variëteiten van deze bestuivers vermindert, dalen ook de gewasopbrengsten. Bijvoorbeeld, angelloze bijen in Costa Rica die alleen in bossen nestelen, verhogen de opbrengst op koffieplantages in de buurt van bosgebieden met 20 procent. Veel planten zijn ook afhankelijk van dieren, vooral degenen die fruit eten, voor zaadverspreiding. Het vernietigen van het leefgebied van dieren van dit type kan ernstige gevolgen hebben voor de plantensoorten die van hen afhankelijk zijn.
Klimaat verordening
Biodiversiteit beïnvloedt het klimaat voornamelijk door regulering van de hoeveelheid koolstofdioxide in de atmosfeer. Vernietiging van boshabitats vermindert het vermogen van bossen om koolstofdioxide op te nemen. De groeisnelheid en houtachtigheid van een plant bepalen de snelheid van de koolstofomzet erin. Landschapspatronen zijn ook belangrijk omdat koolstofvastlegging aan de randen van bosfragmenten wordt verminderd. Mariene ecosystemen spelen ook een belangrijke rol bij koolstofvastlegging.
Plaag- en ziektebestrijding
Plagen richten zich vaak op specifieke soorten planten. Wanneer habitats worden vernietigd en de plantendiversiteit wordt verminderd, bevat de omgeving meer van een bepaald type plant. Dit maakt het makkelijker voor ongedierte om zich te verspreiden. Plantendiversiteit biedt leefgebieden voor een grotere verscheidenheid aan insecten en andere dieren en voor de natuurlijke vijanden van plagen. Schimmelplantenziekten zijn ernstiger in monocultuurgebieden waar één enkel gewas wordt verbouwd.
Indirecte effecten
De productie van voedsel, kleding en onderdak voor de mens is op veel indirecte manieren afhankelijk van de biodiversiteit van ecosystemen. Een grote diversiteit aan landbouwgewassen beschermt boeren tegen misoogsten. Vernietiging van habitats en vermindering van de soortenrijkdom kunnen ecosystemen kwetsbaarder maken voor invasieve soorten en indirect van invloed zijn op de gezondheid en het welzijn van de mens. Het effect van invasieve soorten wordt geïllustreerd door wat er gebeurde toen baars werd geïntroduceerd in Gatun Lake, Panama. De aanwezigheid van baars resulteerde in de vermindering van predatoren van muggenlarven en een toename van de incidentie van malaria.