Stel je een woestijn voor en je zult je waarschijnlijk een heet, droog landschap met intens zonlicht voorstellen. Daar heb je veel van de belangrijkste abiotische factoren die het woestijnecosysteem beïnvloeden. Daarnaast is ook de grondsoort een belangrijke factor; zandwoestijnen komen vaak voor, maar er zijn ook andere grondsoorten.
Weinig regen
Beperkt water is een bepalend kenmerk van woestijnecosystemen en hun meest ingrijpende milieubeperking. Doorgaans krijgen woestijnen minder dan 508 millimeter (20 inch) regen per jaar. Dit betekent dat dieren en planten die in de woestijn willen overleven, langere tijd met weinig water moeten kunnen leven. Cactussen zijn bijvoorbeeld geëvolueerd om water in hun stengels op te slaan om hen door droge perioden te helpen.
Temperatuur
Woestijnen ondergaan doorgaans enorme temperatuurschommelingen gedurende een periode van 24 uur. Omdat er weinig vocht is, missen woestijnen de isolerende bescherming van zowel vocht als bewolking. Een woestijn die overdag heet is, kan 's nachts dalen tot ver onder het vriespunt, zodra de hitte van de zon is verdwenen. Organismen die zich niet goed kunnen aanpassen aan snelle temperatuurschommelingen hebben moeite om te overleven in de woestijn.
Bodem
Het type bodem in een ecosysteem bepaalt welke planten kunnen groeien, wat op zijn beurt bepaalt welke dieren kunnen overleven. Woestijngrondsoorten variëren sterk en beïnvloeden zowel de drainage als de verdamping van een bepaalde locatie. Water kan diep in zandige of grindachtige ondergrond sijpelen, maar nauwelijks doordringen in hard opeengepakte klei of blootliggend gesteente. Afhankelijk van het substraat en de intensiteit van neerslag of stroming, kan regenval of afvoer snel wegzakken in woestijngrond of plotselinge overstromingen veroorzaken die aanzienlijke erosie veroorzaken.
Licht
Zonlicht in de woestijn kan intens zijn dankzij de heersende wolkenvrije omstandigheden en, in de subtropen, de stand van de zon. Kale flats zoals kiezelstenen woestijnbestrating of "reg" kunnen verblindend helder zijn. In andere woestijnlandschappen, meer ingewikkeld terrein, zoals zandduinen en bergketens, of meer substantiële plantenbedekking, zoals bossen met cactussen ter grootte van een boom, zorgen voor complexere lichtpatronen en schaduw. De mate en intensiteit van het zonlicht op een bepaalde plek helpt het microklimaat vorm te geven en heeft dus een diepgaande invloed op planten en dieren.