Zoals de meeste biomen op aarde, overleeft het savanne-ecosysteem op een delicaat evenwicht tussen omgevingsfactoren en verschillende soorten, waaronder de mens. Ernstige droogte kan deze graslanden beroven van hun levengevende water en gebladerte, terwijl stropers en... inheemse volkeren dreigen vaak het voedselweb te verstoren door het doden van dieren voor sport of overleving.
Menselijke activiteiten
Menselijke activiteiten kunnen een ernstige bedreiging vormen voor savanne-ecosystemen. Niet-duurzaam watergebruik en irrigatiemethoden kunnen levengevende rivieren en waterpoelen mogelijk doen opdrogen. In regio's waar inheemse volkeren regelmatig bushmeat - wild vlees - in hun dieet opnemen, is de hoefdierpopulatie merkbaar gedaald. Sommige savanne-dieren in het wild worden ook bejaagd als trofeeën; Vooral zwarte neushoorns worden bejaagd vanwege hun waardevolle hoorns. Zelfs sommige plantensoorten worden te veel geoogst vanwege hun commerciële waarde. Houtsnijwerk gemaakt van African Blackwood, een savanneboom, wordt vaak verkocht op toeristenmarkten.
Droogte en zware begrazing
Langdurige, ernstige droogte heeft een gevaarlijk effect op een savanne-ecosysteem, waarbij begrazingspatronen dit effect verergeren. De combinatie van ernstige droogte en begrazing kan een grasland van voornamelijk eetbare, meerjarige grassen veranderen in een savanne die wordt gedomineerd door oneetbare grassen en planten. Licht begraasde graslanden behouden hun kwaliteit van smakelijke, meerjarige grassoorten, maar de samenstelling van plantensoorten kan nog worden gewijzigd. Experts hebben opgeroepen tot oplossingen voor begrazingsbeheer tijdens perioden van droogte om de richting van mogelijke verandering in de richting van duurzaamheid van grasland te beïnvloeden.
Woestijnvorming
Tropische savannes grenzen vaak aan dorre woestijngebieden, en de verspreiding van woestijnachtige omstandigheden in droge graslandgebieden wordt woestijnvorming genoemd. Deze bedreiging voor een savanne-ecosysteem omvat effecten veroorzaakt door klimaatverandering, landbouwpraktijken, overbegrazing, agressieve landbouwirrigatie, die het niveau van de grondwaterspiegel verlaagt, weg van plantenwortels, ontbossing en erosie. Elk jaar verandert meer dan 46.000 vierkante kilometer Afrikaanse savanne in woestijn. De aanplant van droogteresistente planten zou verschuivende zandduinen kunnen stabiliseren en de proliferatie van extra vegetatie kunnen beginnen.
Koolstof uitstoot
Een onderzoek uit 2012 schreef een grote toename van de houtachtige plantmassa toe aan het "CO2-bemestingseffect". De auteurs stelde dat de toename van de snelheid van houtachtige plantengroei werd veroorzaakt door een toename van atmosferische koolstof dioxide. Een dramatische toename van het aantal bomen en struiken zou het hele savanne-ecosysteem kunnen bedreigen, omdat deze planten meer water verbruiken dan grassen. Natuurbeschermers in Namibië hebben gemeld dat houtachtige planten zowel antilopen als de cheeta's die op hen jagen - een ontwikkeling die ongekende gevolgen kan hebben voor de hele grasland.