Regenwoudecosystemen bieden onderdak aan enkele van de meest dichte en diverse dierengemeenschappen op aarde. Regenwouden worden echter voortdurend geëxploiteerd vanwege hun rijke hulpbronnen. Menselijke praktijken zoals mijnbouw en ontbossing hebben ernstige gevolgen voor deze habitats, waardoor talloze diersoorten in een alarmerend tempo hun huis verliezen.
Vogels
Verschillende soorten toekans, papegaaien en andere tropische vogels van de Zuid- en Midden-Amerikaanse regenwouden worden met uitsterven bedreigd als gevolg van houtkap en andere oorzaken van ontbossing. De harpij adelaar, een van de grootste bekende adelaarssoorten ter wereld, gedijt in de laaglanden van tropisch regenwoud, van Zuid-Mexico tot Oost-Bolivia; het leefgebied van deze vogel wordt voortdurend kleiner als gevolg van duidelijke ontbossingspraktijken en de vernietiging van broedplaatsen door industriële praktijken zoals mijnbouw en olieboringen. Habitatverlies bedreigt ook duizenden trekvogelsoorten. Deze soorten reizen naar het noorden tijdens de Noord-Amerikaanse zomer en terug naar de tropen tijdens de winter; meer en meer keren elk jaar terug om geen huis te vinden en/of vernietigde nestplaatsen.
Zoogdieren
Een breed scala aan zoogdiersoorten verliest hun huizen in het regenwoud, van het kleinste knaagdier tot het grootste roofdier. Veel grotere zoogdieren hebben voldoende ruimte nodig om te foerageren en/of te jagen. Naarmate de industriële praktijken in bepaalde gebieden vorderen, moeten regenwoudzoogdieren zoals gorilla's, jaguars en poema's zich beperken tot gefragmenteerde habitats met onvoldoende hulpbronnen. Ontbossing treft boomzoogdieren het meest direct (die in de bomen leven), zoals de vliegende eekhoorn en de fruitvleermuis, evenals verschillende soorten apen. Hele gemeenschappen worden dakloos, waardoor ze zich moeten aanpassen aan een boomloze omgeving waar ze niet op zijn voorbereid.
Reptielen en amfibieën
Ontbossing is de belangrijkste oorzaak van het verlies van leefgebied voor de meeste reptielen in het regenwoud, terwijl veel soorten amfibieën ook hun huizen verliezen als gevolg van olieboringen en mijnbouwpraktijken die vijvers, rivieren en beken vervuilen, waardoor ze gedwongen worden nieuwe waterbronnen te vinden voor hun semi-aquatische levensstijl. Bedreigde en bedreigde soorten reptielen en amfibieën zijn de gouden pad, de Madagascar-daggekko en leguanen, evenals verschillende soorten pijlgifkikkers, met name die van Colombia.