Skirtingai nuo ežerų ir tvenkinių, upės yra atviros sistemos, kur dažnai keičiasi vanduo. Nepaisant šio fakto, organizmams, kurie priklauso nuo upių, reikalinga tam tikra pusiausvyra. Įvairūs rodikliai nurodo upės kokybę. Šie matavimai apima ištirpusį deguonį, temperatūrą ir pH, kuris yra vandenilio jonų koncentracijos matas.
PH matavimo skalė eina nuo 0 iki 14, kai 7 ar mažiau yra rūgštinė aplinka, o rodmuo virš 7 rodo šarminę aplinką.
Žurnale „Nature“ paskelbtas tyrimas tiesiogiai susiejo Norvegijos upių ir ežerų rūgštingumą su rūgščiu lietumi, kuris sunaikino vietinių lašišų ir upėtakių populiacijas.
Dėl žemo pH lygio žuvys žūva stresuodamos gyvūnų sistemas ir padarydamos fizinę žalą, o tai savo ruožtu daro jas labiau pažeidžiamas ligų.
Kiti išoriniai veiksniai, galintys sukelti upės pH svyravimus, yra žemės ūkio nuotėkis, rūgštinė kasykla drenažas (AWD) ir iškastinio kuro išmetimas, pvz., anglies dioksidas, kuris ištirpus upėje sukuria silpną rūgštį vandens.
Tikrinant pH lygį, nurodomas mėginio rūgštingumas ar šarmingumas. Upės turi tam tikrą pajėgumą užkirsti kelią pH pokyčiams dėl upės vagos struktūros ir sudėties. Tačiau drastiški pH pokyčiai gali pakenkti upių sveikatai.