19世紀には、分類学（生物の分類）が生物学で大流行しました。 アマチュアとプロのナチュラリストの両方が生き物を集めて特定する熱狂に巻き込まれ、珍しいカブトムシは熱い商品でした。 当時、微生物とその生物の世界での位置についてはほとんど知られておらず、微生物学の分類はそれほど注目されていませんでした。 その間の数十年で、微生物の知識と方法の劇的な増加が見られました。 微生物を特定し、その増加の一部は、 微生物。
タクソノミーのコンポーネント
分類法には、命名法、分類、識別の3つの要素があります。 命名法は、単に種に名前を割り当てることです。 分類とは、共通の特性に従って種をグループ化することです。その一部は物理的で、一部は生化学的です。 識別とは、生物の特徴を使用して、分類スキームのどこに属するかを判断することです。 現代の分類体系には、最大かつ最も包括的なグループとしてドメインがあります。 最小のグループは種です。 最も包括的なものから最も具体的なものまで、レベルは次のように実行されます：ドメイン、王国、門、クラス、目、家族、属、種。 たとえば、あなたは真核生物の脊索動物門哺乳類霊長類のヒト科ホモサピエンスです。
微生物とドメイン
微生物は非常に多様です。 それらは特定の種類の構造や機能によって定義されるのではなく、単にそれらのサイズによって定義されます。 微生物は非常に多様であるため、3つの異なるトップレベル分類すべて（3つのドメインすべて）に分類されます。 1つのドメインはバクテリア、もう1つは古細菌、最後は真核生物です。 細菌と古細菌のドメインのすべてのメンバーは単細胞微生物です。 それらは両方とも、細胞の残りの部分から遺伝物質を分離する膜のない細胞です-核を定義する膜。 したがって、細菌と古細菌のドメイン内のすべての王国、門、クラス、目、家族、属、種は微生物です。
単細胞原生生物
真核生物は、細胞に核が含まれている生物です。 多くの真核生物は単細胞微生物ですが、レッドウッドの木やあなたなど、他の多くの微生物はそうではありません。 したがって、追加の分類が必要です。 ドメインEukarya内の王国Protistaは、単細胞微生物のみで構成されています。 原生生物は、4つの異なる藻類門、4つの異なる原生動物門、2つの異なるカビ門の3つの異なる門のグループに分けられます。 しかし、これらの門内のすべての生物（すべて原生生物界内）は微生物です。
微視的真菌
菌類王国は真核生物の領域に含まれています。 菌類内のいくつかの門には微生物が含まれています。 たとえば、接合菌門には微細なパンのカビが含まれ、子嚢菌門には酵母、微生物の害虫および寄生虫が含まれます。 地衣類は、真菌と光合成生物の共生集合体であり、一部は真菌界に、一部は他の王国、さらには他の領域に含まれています。