分子生物学では、さまざまなDNA分離ステップのための適切なバッファーの選択と準備が可能です。 タンパク質発現に移行するか、別のマキシプレップキットを開いて開始するかの違い 以上。 それらの決定的な重要性にもかかわらず、バッファレシピはしばしばそれだけです-異なるコンポーネントの説明や理論的根拠なしに書かれたレシピ。 そのような緩衝液の１つは、グルコース－トリス－ＥＤＴＡまたはＧＴＥ緩衝液である。
GTEは何に使用されますか？
GTEは、細胞を溶解（破壊）して内部のプラスミドDNAを回収する前に、細菌細胞ペレットを再懸濁するために使用されます。 細胞膜を柔らかくするリゾチームは、GTEバッファーと一緒に添加されることがよくあります。 このステップで細胞全体の均一な懸濁液を達成し、その後に添加する溶解液がすべての細胞に到達できるようにすることが、良好なDNA収量を得るための鍵となります。 GTEは、DNAに安定した環境を提供しながら、これを行うように設計されています。
浸透圧のためのブドウ糖
50mM（ミリモル）のグルコース糖をGTEバッファーに添加して、細胞外の溶質濃度が細胞内の溶質濃度に近い浸透圧を維持します。 これにより、凝集や分解によりDNA収量が低下する可能性のある早期の細胞溶解が防止されます。 緩衝液の他の成分も溶液の浸透圧に寄与しますが、グルコース、 非電解質であることは、溶液の緩衝液に干渉しないため、良い選択です。 プロパティ。
pH安定性のためのトリス
トリスは、非常に一般的なpH緩衝液であるトリス（ヒドロキシメチル）アミノメタンの略称です。 GTEバッファーの場合、酸性塩（Tris-HCl）が25mMの濃度でバッファーに添加されます。 これにより、溶液のpHがほぼ生理学的な8.0に維持されます。これは、プラスミドDNAの酸加水分解（分解）および他の細胞成分の望ましくない副反応を防ぐための理想的なpHです。
EDTAはDNAの分解を防ぎます
EDTA、またはエチレンジアミン四酢酸は、溶液から金属イオンを捕捉または「キレート化」し、それらが望ましくない副反応に関与するのを防ぎます。 GTEバッファーでは、EDTAは10mMで添加されます。 その主な目的は、遊離亜鉛、マグネシウム、カルシウムを切り上げるためのバッファーにあり、それによってこれらの金属を必要とする特定の経路によるDNA分解を防ぎます。
いくつかの重要なヒント
GTEバッファーを冷たく保ち、少量にして、意図しないバクテリアの増殖を防ぎます。 砂糖と制御されたpHは、優れた増殖培地になります。 常に精製水を使用してください。 水道水にはパイプからの過剰な金属イオンが含まれている可能性があり、EDTAが捕捉する能力を圧倒する可能性があります。 サンプルに干渉RNAの存在が疑われる場合は、100マイクログラム/ミリリットルのRNaseAをGTEバッファーに追加して問題を解消します。