המיקום בעת בניית תחנה הידרואלקטרית הוא מכריע מאוד. מעבר לבניית הסכר, ישנם גורמים אחרים שמשחקים. ואי טיפול בהם עלול להוביל למספר בעיות, כולל הצפת האזורים הסמוכים לתחנה.
חמרי גלם
החומרים המשמשים לבניית סכרים קובעים אם זה יחזיק מעמד לאורך זמן או יעיל את יעודו באופן יעיל. החומרים המשמשים לייצור קירות הסכר צריכים להיות מסוגלים להחזיק את כוח המים. משמעות הדבר היא כי אתר הסכר צריך להיות במקום בו ניתן למצוא חומרים אלה, כגון מלט ונטל. חשוב להשתמש בחומרים איכותיים למניעת אסונות, כגון שיטפונות מים באזורים הסמוכים לסכר.
שביל הנהר
המיקום הטוב ביותר לתחנה הידרואלקטרית צריך להיות בשביל של נהר. זה צריך להיות לפחות בקניון הנהר או במקום בו הנהר מצטמצם. זה מאפשר איסוף של המים או הסטת הנהר. אם התחנה ההידרואלקטרית שואפת לאגור מים מרובים על הסכר, יש לחשב את נפח האגן הממוקם מעל הסכר. כדי להבטיח שהסכר לא יסבול מבעיות של אספקת מים לא מספקת, אשר, בתורן, ישפיעו על הפעלת המים טורבינות.
מבנה גיאולוגי
התחנה צריכה להיות ממוקמת במקום שהאדמה או מבנה הסלע שעליו יוקם הסכר חזקים מספיק בכדי להחזיק את המשקל ואת כוח המים בסכר. על הקירות להיות מסוגלים להחזיק ולקיים כוחות גלויים ובלתי נראים, בין אם מעשה ידי אדם ובין אם טבעיים. מבנה הסלע צריך להיות בעל יכולת עמידה ברעידת אדמה והוא לא אמור לאפשר חלחול של מים מכיוון שהדבר מחליש את הסכר. הקירות צריכים להיות אטומים למים כדי להימנע מהיחלשותם של מים.
מספיק מים
זרימת המים למקום בו נמצא הסכר צריכה להספיק בכדי למלא את הסכר. סכרים הידרואלקטריים הם בדרך כלל גדולים, וזה גורם להם לאבד הרבה מים באמצעות אידוי. זרימת המים מהנהר צריכה להיות גבוהה מספיק כדי להתאים לאובדן מים זה מבלי להשפיע על כמות החשמל המיוצרת.