רמות סיווג המיקרוביולוגיה

במאה ה -19 הטקסונומיה - סיווג האורגניזמים החיים - הייתה כל הזעם בביולוגיה. חובבי הטבע הטבעיים החובבים והמקצועיים כל כך נקלעו לשיגעון האיסוף והזיהוי של יצורים, שהחיפושיות הנדירות היו מצרכים חמים. באותה תקופה לא היה ידוע מעט על מיקרואורגניזמים ומקומם בעולם היצורים החיים, והסיווג של המיקרוביולוגיה לא זכה לתשומת לב רבה כל כך. בעשרות השנים שחלפו חלה עלייה דרמטית בידע על חיידקים ובשיטות של זיהוי מיקרואורגניזמים, כאשר חלק מגידול זה מוכיח על ידי הסיווג היעיל של מיקרואורגניזמים.

לטקסונומיה שלושה מרכיבים: המינוח, הסיווג והזיהוי. המינוח פשוט מקצה שם למין. הסיווג הוא קיבוץ מינים יחד על פי מאפיינים משותפים - חלקם פיזיים, וחלקם ביוכימיים. זיהוי הוא באמצעות תכונות של אורגניזם כדי לקבוע היכן הוא שייך בתכנית סיווג. לתכנית הטקסונומית המודרנית יש את הקבוצה הגדולה והכוללת ביותר, את התחומים. הקבוצה הקטנה ביותר היא המין. מהכלול ביותר לספציפי ביותר, הרמות עוברות כך: תחום, ממלכה, פילום, מעמד, סדר, משפחה, סוג ומין. אתה, למשל, Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.

מיקרואורגניזמים מגוונים ביותר. הם לא מוגדרים על ידי מבנה או פונקציה מסוג מסוים, אלא פשוט על פי גודלם. מיקרואורגניזמים הם כל כך צוללים שהם נופלים בתוך שלושת הסיווגים השונים ברמה העליונה - כל שלושת התחומים. תחום אחד הוא חיידק, והשני הוא ארכיא והסופי הוא אאוקריה. כל חברי תחומי החיידקים והארכאים הם מיקרואורגניזמים חד תאיים. שניהם תאים ללא קרומים המפרידים בין החומר הגנטי שלהם לשאר התא - קרומים המגדירים גרעין. כך שכל הממלכות, הפילות, המעמדות, הסדרים, המשפחות, הסוגים והמינים בתחומי החיידקים והארכיא הם מיקרואורגניזמים.

Eukarya הם אורגניזמים שתאיהם מכילים גרעין. אורגניזמים איקריוטים רבים הם מיקרואורגניזמים חד תאיים, אך רבים אחרים - כגון עצי סקויה, או אתה - אינם. אז דרושים סיווגים נוספים. הממלכה פרוטיסטה בתחום האוקריה מורכבת ממיקרואורגניזמים חד תאיים בלבד. הפרוטיסטים מופרדים לשלוש קבוצות שונות של פילות: ארבע פילות אצות שונות, ארבע פילות פרוטוזואה שונות ושתי פילות עובש שונות. אבל כל האורגניזמים בתוך הפילה הללו - כולם בתוך הממלכה הפרוטיסטה - הם מיקרואורגניזמים.

הממלכה פטריות כלולה בתחום האוקריה. חלק מהפילות בתוך הפטריות מכילות מיקרואורגניזמים. לדוגמא, הפילם Zygomycota מכיל תבניות לחם מיקרוסקופיות, וה- Phylum Ascomycota מכיל שמרים ומזיקים וטפילי יבול מיקרוביאלית. לישנים הם מכלול סימביוטי של פטרייה ואורגניזם פוטוסינתטי - הכלול בחלקו בתוך הממלכה פטריות וחלקם בממלכות אחרות, או אפילו בתחומים אחרים.