חיידקים הטרוטרופיים נויטרופיליים ואסידופיליים מהווים את רוב מיני החיידקים. המונחים "נויטרופילים" ו"אצידופילים "מתייחסים לרמת ה- pH האופטימלית של מינים חיידקים - מדד לחומציות או בסיסיות של חומר. לדוגמא, חומץ נמדד כחומצי, וסודה לשתיה כבסיס. סולם ה- pH נע בין 0 ל -14, כאשר 7, ה- pH של מים טהורים, ממש באמצע.
הטרוטרופיות נויטרופיליות
רוב החיידקים, נויטרופילים, חיים בקרקע או במים וגדלים בצורה הטובה ביותר ב- pH ניטרלי בין 6 ל -8. אם ה- pH משתנה יותר מדי מחוץ לטווח זה, חיידקים נויטרופילים אינם יכולים לשרוד. רוב החיידקים הגורמים למחלות בבני אדם הם גם הטרוטרופים נויטרופיליים, המתאימים היטב לשרוד בתוך גוף האדם.
הטרוטרופים אסידופיליים
חיידקים חומצופיליים צומחים טוב יותר ברמות pH נמוכות יותר, בדרך כלל מתחת ל- pH 6, מכיוון שיש להם מנגנונים ביולוגיים המאפשרים להם לשמור על ה- pH הפנימי שלהם כמעט ניטרלי. ניקוז מכרות חומצה - הנגר המזוהם והחומצי מאוד מאזורי הכרייה - מכיל אוכלוסייה גבוהה של חומצופילים המחמצנים את הגופרית הנמצאת בעפרות מתכת. על פי מרכז המשאבים לחינוך מדעי במכללת קרלטון, האפרופזמה האסידופילית שנמצאה בניקוז מכרות חומצה הציגה רמות pH נמוכות כאפס.
הטרוטרופים חומצופיליים באופן מחייב
אסידופילים חייבים דורשים pH נמוך, מתחת ל -4 או 5, כדי לשרוד. קרום התא של אסידופילים חייבים מתמוסס למעשה ברמות pH ניטראליות, וגורם למוות של תאים. אסידופילים רבים חייבים הם גם תרמופילים - אורגניזמים הגדלים בצורה הטובה ביותר בטמפרטורות גבוהות - ונמצאים בדרך כלל בקרקעות וולקניות. Thiobacillus ferrooxidans מדורגת ככל הנראה החיידק האידופילי החמצון בברזל.