שיבוט הוא נושא אתי לוהט בקהילה המדעית, אך חיידקים משבטים את עצמם כל הזמן. בתהליך שנקרא ביקוע בינארי, חיידק אחד מכפיל את גודלו ואת החומר הגנטי שלו, ואז מתפצל לייצור שני תאים זהים.
בהשוואה לחלוקת תאים איקריוטיים, או מיטוזה, ביקוע בינארי הוא תהליך פשוט יחסית. ראשית, החיידק מעתיק את ה- DNA שלו - חומר גנטי, שבחיידקים הוא מעגלי. ה- DNA נותן את כל המידע הדרוש ליצירת תא זהה. לאחר מכן ה- DNA מופרד בקצוות מנוגדים של התא והחלבונים הדרושים לחלוקת התאים מתאספים במרכז התא. החיידק מכפיל בדרך כלל גם את הנוזל התוך-תאי שלו, הנקרא ציטופלזמה. החלבונים מפלחים את התא לשניים וברוב החיידקים בנוי קיר תא חדש להשלמת החלוקה.
היתרון של ביקוע בינארי מבחינת החיידקים הוא שהוא מהיר ופשוט. מנקודת מבט של שליטה ומניעה של מחלות, ביקוע בינארי הוא יתרון מכיוון שהוא מפשט את ייצור התרופות. בדרך כלל יש צורך רק בתרופה אחת לטיפול בזיהום חיידקי מכיוון שכל החיידקים זהים ויגיבו באותו אופן. אולם, למרבה הצער, ישנם חיידקים המפתחים עמידות לתרופות באמצעות מוטציה אשר מקשה על הטיפול בזיהומים.