ניתן לסווג מאובנים לחמישה סוגים, על בסיס תהליך השימור שלהם. כאשר אורגניזם נקבר על ידי משקעים, הוא עלול להשאיר אחריו מאובן אם המשקע הופך לסלע. הרשמים שהשאירו סלעים בידי אורגניזמים אינם חומר מקורי כמו רקמה ושלד מהיצור. החומר האורגני מוחלף, הופך או מומס לאורך זמן גיאולוגי.
פרמינרליזציה
לאחר קבירת אורגניזם, ניתן לפלוש על מי התהום למרחבים הריקים. אם המים עשירים במינרלים, הם ישקעו החוצה או יתגבשו בצורה זהה לאורגניזם. הגבישים ממלאים ומחליפים את האורגניזם, שמתמוסס. אם האורגניזם מתפורר לאט לאט, גבישים נוספים יכולים להיווצר, ומספקים רמת פירוט גבוהה יותר.
תבניות ויציקות
לעתים קרובות, האורגניזם מוסר לחלוטין לאורך זמן על ידי פירוק או ריקבון. החללים שנוצרו עם היעלמות האורגניזם יכולים להתמלא משקעים. ברגע שהאורגניזם נעלם, נותר רק רושם בסלע. אם מאובן הוא חותם שלילי של החלק החיצוני של האורגניזם, אז נוצרת עובש. אם האורגניזם מתמלא על ידי משקעים, הוא גבס.
התגבשות מחדש
אם חומר אורגני לא מוסר, ניתן לשנות אותו כדי להפוך לחלק מהמאובן. החום והלחץ מהקבורה בתוך המשקעים יכולים לשנות את מבנה החומר המקורי מהאורגניזם. סידן בעצמות יכול להתגבש מחדש לקלציט או לארגוניט. התרכובות באורגניזם שמתגבשות מחדש מסודרות מחדש ליצירת מינרלים חדשים. התגבשות מחדש מתרחשת לרוב בעצמות או בקונכיות עתירות סידן.
פִּחוּם
יצורים חיים מכילים כמויות גדולות של פחמן. כאשר הם נקברים ודחוסים, הם יכולים להפוך לתבניות שחורות כהות של האורגניזם המקורי. חום ולחץ עז לוחצים את המאובן ומעוותים אותו. עם מספיק חום ולחץ נוצר פחם. מאובנים של עלי צמח נמצאים ללא עיוותים אך מוגזים מכיוון שהם נשכבים שטוחים והם דו ממדיים. החומר לא מוסר באמצעות פחמן, אלא משתנה.
ביואימורציה
צורות חיים לפעמים צומחות זו על זו. חיים ימיים כמו אלמוגים יוצרים מבנים שלובים זה בזה אשר צורכים או מקיפים לעתים קרובות חלקים אחרים של אלמוגים או ספוג ים. ניתן להשאיר תבניות או חללים בתוך שרידי המאובנים של האלמוגים, שהם עצמם מאובנים נפרדים. אורגניזם ללא קליפה קשה ישאיר אחריו חללים ריקים ביצור הגדול יותר שמקיף אותו.