מערכת אקולוגית מוגדרת כקהילה של בעלי חיים, צמחים ומיקרואורגניזמים אשר שורדים ומתקשרים זה עם זה באותה סביבה. מערכות אקולוגיות יכולות להיות קטנות וגדולות. אחת הדוגמאות היא מערכת אקולוגית ביערות המאוכלסת ביצורים חיים המתקיימים עם גורמים פיזיים של הסביבה, כמו טמפרטורה, אור שמש וחמצן. המערכת האקולוגית ביער תלויה בזמינות המשאבים העיקריים לפריחה.
חופת היער היא תכונה חשובה במערכת אקולוגית ביער. זה נוגע לחלק העליון של קהילת עצים או כתרי צמחים. חופת יער משמשת כממשק בין האטמוספירה לארץ. החופה היא גם בית הגידול העליון של אורגניזמים ביולוגיים אחרים במערכת אקולוגית ביער. הוא מורכב בעיקר מעצים גדולים. מבנה חופת היער אינו זהה בכל מערכת אקולוגית ביער מכיוון שהוא תלוי בזמינות החומרים המזינים, סידור העצים וההבדלים במינים הביולוגיים. יותר ממחצית מיני הצמחים נמצאים במערכת אקולוגית ביער, ולכן המגוון הביולוגי הוא הגדול ביותר בחופת היער. רוב האורגניזמים מסוגלים לשרוד בחופת יער מכיוון שהוא חשוף ישירות לאור שמש ולמי גשמים.
רצפת היער היא המאפיין הבולט ביותר של מערכת אקולוגית ביער. הוא מורכב מעלים שנפלו, גבעולים, זרדים, ענפים וקליפה על פני האדמה. רצפת יער מכילה גם חומרים אורגניים ואורגניים. אורגניזמים חיים רבים, כמו פטריות, חיידקים ומיקרואורגניזמים אחרים, שוכנים על קרקעית היער. הוא עשיר בחומרים מזינים ותכני מינרלים. לקרקעית היער יש תפקיד משמעותי בהעברת חומרים מזינים במחזור החיים של המערכת האקולוגית ביער. רוב הפחמן והאנרגיה מהמערכת האקולוגית של היער מתווספים לקרקעית היער לאורך זמן. רוב חומרי המזון של המערכת האקולוגית ביער מגיעים מקרקעית היער עקב פירוק חומרים אורגניים.
האדמה היא תכונה של מערכת אקולוגית ביערות המושפעת מהשינויים באקלים, בגיאולוגיה, בכמות הגשמים ובצמחייה. אדמת היערות הממוזגים פורייה יותר מכיוון שעלי עצים צונחים לקרקע בכל סתיו. המלטה הזו תורמת לשכבות החומר האורגני שנמצא באדמת היער. העלים הישנים הופכים למקור מזון לחיידקים ופטריות. אורגניזמים אלה מקלים על פירוק העלים וחומר אורגני אחר. פירוק מעשיר את אדמת היער מכיוון שהיא מספקת יותר חומרים מזינים לעצים ולצמחים החיים במערכת האקולוגית ביער. עם זאת, לאדמה ביערות הגשם הטרופיים איכות ירודה בגלל הגשמים הסוערים. הגשם המתמיד נשחק וממיס חומרים מזינים בקרקע לפני שהעצים יוכלו ליהנות מהם.
