ישנם סוגים רבים ושונים של מערכות אקולוגיות. מערכות אקולוגיות במים מהוות חלק גדול מהמערכות האקולוגיות בעולם וניתן לסווג אותן כמערכות אקולוגיות של מים מתוקים או כמערכות אקולוגיות ימיות. תושבי כל סוג של מערכת אקולוגית יותאמו להישרדות במערך התנאים המסוים שמציגה אותה מערכת אקולוגית.
מערכת אקולוגית היא קהילה המוחזקת על ידי אינטראקציות מורכבות בין הגורמים הביוטיים לאביוטיים באזור נתון. הגורמים הביוטיים של מערכת אקולוגית הם החלקים החיים כגון צמחים, בעלי חיים, חיידקים ופטריות. הגורמים האביוטיים כוללים את האדמה, המים ופריטים אחרים שאינם חיים בסביבה. מערכת אקולוגית יכולה להיות גדולה כמו מדבר או קטנה כמו בריכת גאות. יהיו רק כמה יצורים חיים שיכולים להיות נתמכים על ידי אספקת המזון. אינטראקציות כמו טורף-טרף ויחסי רשת מזון קובעים את אוכלוסיית המערכת האקולוגית. לכל יצור חי יש למלא תפקיד התורם להצלחה הכללית ולהישרדותה של המערכת האקולוגית.
המונח ימי מתייחס למערכת אקולוגית הקשורה לאוקיאנוסים. על פי הסוכנות להגנת הסביבה, EPA, מערכות אקולוגיות ימיות מהוות כ -70% מהמערכות האקולוגיות בעולם. מערכות אקולוגיות ימיות הן ייחודיות בגלל התרכובות המומסות המושעות במים, בעיקר מלח. אורגניזמים זעירים כמו פלנקטון מיקרוסקופי וגדולים כמו לווייתנים מאכלסים סוגים שונים של מערכות אקולוגיות ימיות. מערכות אקולוגיות ימיות כוללות את האוקיאנוסים, שפכי הנהרות והביצות, שוניות האלמוגים, יערות המנגרובים, לגונות, מיטות עצי אצות ואזור הביניים והגאות שנמתח אל החופים.
ישנם סוגים רבים של מערכות אקולוגיות של מים מתוקים. נהרות, אגמים, בריכות ונחלים הם מקורות המים המתוקים הנפוצים ביותר. מאגרים, ביצות ומקורות מי תהום נחשבים גם למערכות אקולוגיות של מים מתוקים. מערכות אקולוגיות של מים מתוקים אינן מכילות את אותם חומרים מומסים במים כמו של מערכות אקולוגיות ימיות, ולכן בעלי החיים והצמחים החיים שם לא ישרדו במערכת אקולוגית ימית. מכיוון שמים מתוקים אינם מכילים מלח, הם רגישים יותר להקפאה ולהפשרה. צמחי מים מתוקים ובעלי חיים הסתגלו כדי לשרוד את התהליך הזה. יש להם גם מבנים נשימתיים המותאמים במיוחד למים מתוקים ופיתחו התנהגויות רבייה והאכלה שמאפשרות להם לשרוד בהצלחה בסביבתם.
