המערכת האקולוגית הימית נמצאת בלחץ חמור; באזורים רבים התנאים הדרושים לקיום החיים נמצאים בסכנה או שאינם קיימים. הרס בתי גידול ימיים נפוץ במיוחד לאורך קו החוף בו גדלה אוכלוסיות האדם. אובדן בתי גידול, זיהום, דיג יתר, שיטות דיג הרסניות ו התחממות גלובלית כולם מערערים את הסביבה הימית.
קווי חוף
אובדן בתי גידול, זיהום, נגר ומליחות מוגברת הורסים שוניות אלמוגים, עשבי ים ובתי גידול אחרים עבור ציפורים ודגים. ככל שמולאים שטחי מים לחוף על מנת להכיל אוכלוסיות אנושיות גדלות, הסירור של הנהרות מקטין את זרימת המים המתוקים, מאט את נגר המזון ומעכב את נדידת הדגים. פחות מים מתוקים פירושם מליחות מוגברת באזורי ביצות ושפכים, מה שפוגע בעשבים המטהרים מים עם זרימתם לים. שחיקה הנגרמת על ידי כריתת יערות שולחת טפטוף לנהרות, לנחלים, ובסופו של דבר לאוקיאנוס, וחוסמת את אור השמש הדרוש לשוניות האלמוגים כדי לשרוד.
דיג יתר
התשואה המקסימלית בר קיימא מחושבת על ידי ביולוגים של דייגים בכדי לאמוד את כמות הדגים שניתן לקצור מאוכלוסייה מבלי להסתכן בכדאיותה לטווח הארוך. בין 1974 ל -1999 שילש שיעור הדייג שעבר את התשואה המקסימלית למקורות בקלה, מ -10% ל -30%. על פי המרכז לפתרונות אוקיינוס, מאז תחילת שנות התשעים התפוסה הכוללת באחת הגדולות בעולם דייגים יצרניים, ים אוקוצק, פחתו בין פעמיים ופעמיים וחצי עקב דיג יתר. באוקיאנוס השקט, יותר ממחצית ממדינות האי אינן מנהלות בצורה שגרתית את שוניות האלמוגים שלהן.
קרקעית ים
תוך שימוש בפרקטיקה המכונה שייטת קרקעית, ספינות דיג מסחריות גוררות רשתות גדולות המחוברות למשקלים כבדים על פני קרקעית הים. מינים ממוקדים כוללים שרימפס, בקלה, בלעדית, ופלנדר, אך כל מה שנמצא בקרקעית הים נלכד. שייטים תחתונים עלולים להשאיר את המערכת האקולוגית הימית פגועה לצמיתות ותפיסת הלוואי (מינים שאינם מטרה כמו צבי ים, עופות ים ויונקים) פשוט נזרקים מעבר לים. תפיסת לוואי יכולה להגיע לסכום של 90% מכלל התפיסה ודגים בסכנת הכחדה ואלמוגים בים עמוק נהרגים.
הַחמָצָה
ככל שהאקלים מתחמם, האוקיאנוס סופג יותר פחמן דו חמצני והופך אותו לחומצי יותר. חומציות מוגברת מעכבת את יכולתם של אורגניזמים ימיים לפתח קונכיות, וזה כולל את בעלי החיים הזעירים הנקראים פלנקטון המהווים את בסיס רשת המזון של האוקיאנוס. יש חוקרים שמציעים שזה יביא גם למינים ימיים מסוימים לפלוט פחות מתרכובות הגופרית המקדמות היווצרות ענן, שמקרר את כדור הארץ. מודלים אקלימיים צופים שזה יגרום להתחממות נוספת של 0.5 מעלות צלזיוס (0.28 מעלות פרנהייט) במהלך המאה הזו.