שוניות האלמוגים הן המבנים הימיים המסוידים שנוצרו על ידי השלדים החיצוניים של האלמוגים ושלושת הסוגים העיקריים של הצמחים האינטראקציה עם שוניות האלמוגים הם אצות, יערות ים ומנגרובים, כאשר האצות מחולקות לאדום וירוק זנים. רבים מצמחים ימיים אלה מועילים לשוניות האלמוגים. מערכות אקולוגיות של שונית אלמוגים כוללות גם מגוון רחב של בעלי חיים והן מהמערכות האקולוגיות התוססות ביותר על פני כדור הארץ.
אצות אדומות ושוניות אלמוגים
לסוג מסוים של אצות אדומות הנקראות אצות אלמוגיות יכול להיות תפקיד מרכזי בהגברת היציבות של שונית האלמוגים. אצות אלמוגים מפקידות סידן מגן בדפנות התאים שלהן, ואצות המצורפות הללו פועלות למלט אלמוגים שונים, ומשפרות את מבנה השונית. קורלינים גניקוליים הם בעלי מבנה דמוי עץ דמויי מעט גמיש בגלל נוכחותם של אזורים לא מסווגים. אלמוגים לא-גרעיניים הם קרום בעל צמיחה איטית שיכולים להידבק לסלעים, קונכיות, אצות אחרות ועצי ים, בנוסף לאלמוגים.
אצות ירוקות ושוניות אלמוגים
אצות ירוקות מהוות קבוצה נוספת של צמחים ימיים שהסתגלו לשרוד בשוניות האלמוגים. למעשה, אצות ירוקות אלמוגים מצליחות כל כך באזורים מסוימים שהן הופכות למעשה לאיום על מארחיהן. כאשר הקשר בין שונית אלמוגים לאצות ירוקות נמצא באיזון, האצות גדלות על השונית ומספקות מזון לדגים הרועים. עם זאת, כאשר זרם גדול של חומרים מזינים מגיע בצורה של שפכי חוף, קהילת האצות הופכת מוגזמת, מתפוצצת בגודלם וכתוצאה מכך מפחית את נוכחותם של חיידקים המועילים לאלמוגים תוך טיפוח צמיחתם של מזיקים בַּקטֶרִיָה.
עשב ים ושוניות אלמוגים
כחלק מאינטראקציה חשובה משולשת אקולוגית עם שוניות אלמוגים ומנגרובים, עצי ים נוטים לשגשג בבתי גידול בחוף. מים שמוגנים מגלי האוקיאנוס על ידי שוניות אלמוגים מאפשרים לשטחי ים להכות שורש, ובתמורה לאצות ים. למטה וללכוד משקעים, ומונע את עומס המשקעים במים להיות גבוה מדי מכדי שאלמוגים יוכלו לִשְׂרוֹד. כרי דשא של ים יכולים להכיל כמה מינים שונים, והם מגיעים רק לעומקים שדרישות הפוטוסינתזה מאפשרות.
מנגרובים ושוניות אלמוגים
בדומה לעשבי ים, גם המנגרובים פורחים כתוצאה מההגנה מפני גלי הים האלימים המוצעים על ידי שוניות האלמוגים. המנגרובים מועילים הן לעשבי ים והן לשוניות האלמוגים, בעיקר על ידי הפחתת סחף קו החוף ובכך מונעת כניסת משקעים מזיקה למימי החוף. יערות המנגרובים משמשים גם כאזור חיץ למי נגר בזיהום, במיוחד ביוב עשיר בחומרים מזינים שעלול לשבש את האיזון האקולוגי של מערכת יער האחים – יער האחים – מנגרובים. השורשים הימיים של המנגרובים משמשים גם כמשתלות קריטיות עבור מיני דגים רבים בחוף.