בקמבודיה יש שיעור הכריתת יערות השלישי בגובהו בעולם, המונע על ידי קציר עצים וכן חיתוך ברור לחקלאות. כריתת יערות הורסת בתי גידול ומשבשת את איזון הקרקעות הטרופיות העדינות. בלי עצים שמחזיקים את האדמה במקום וממלאים חומרים אורגניים עם פסולת עלים, האדמה נשחקת במהירות ומאבדת הרבה מהפוריות שלה בשנים הראשונות לגידול.
מערכות אקולוגיות של קמבודיה, רבות מהן יערות מנגרובים המספקים שטחי שרצים חשובים לדגים והגנה מפני שיטפונות, מאוימים על ידי כמה גורמים. מערכות אקולוגיות חופיות נחנקות על ידי משקעים שנשטפו משדות מאזורי יערות לאחרונה. במים אלה מובילים גם חומרי הדברה ודשנים מסוכנים. חוות שרימפס מוסדרת בצורה גרועה גורמת לפינוי מנגרובים ומשחררים עודפי חומרים מזינים למים, וכתוצאה מכך צמיחת יתר של אצות ושיבוש המערכת האקולוגית.
בזמן שקמבודיה מתועשת, אנשים נוהרים לאזורים עירוניים שצומחים מהר מדי מכדי שתשתיות תברואה יוכלו לעמוד בקצב. באזורים רבים אין מערכות ביוב, או במקרה הטוב הן אינן מתפקדות. ביוב ושפכים תעשייתיים מזהמים את מי התהום ואת המים העיליים באזורים עירוניים רבים. פסולת מוצקה מסוכנת מוצאת בדרך כלל את דרכה להטמנה של מזבלות בהן היא יכולה להשתפך למי תהום או לנשב על ידי הרוח.