Nemmeno gli scienziati sono sicuri al 100% di come si formino i geodi di ametista o di come si formino i geodi. Non c'è stata molta ricerca, perché i geodi sono solo divertenti anomalie scientifiche con pochi, se non nessuno, benefici scientifici. Sono rocce che sembrano semplici all'esterno ma una volta aperte rivelano una cavità nel mezzo piena di bellissimi cristalli. Il consenso scientifico generale è che i geodi di ametista vengono creati in un processo in due fasi. Prima c'è la formazione della cavità e poi la formazione dei cristalli.
Un geode di ametista è una roccia cava con cristalli di ametista che rivestono le pareti interne, quindi prima deve essere formata la cavità. Questo può accadere ovunque ci sia o c'era lava vicino alla superficie terrestre. Di conseguenza, i geodi di ametista possono essere trovati in migliaia di luoghi in tutto il mondo. Il primo passo nel processo naturale che crea i geodi di ametista è la formazione di cavità di gas nella lava. Le cavità del gas possono formarsi da bolle (proprio come la carbonatazione provoca bolle nella tua soda). Alcuni scienziati teorizzano che le cavità si possano formare anche quando si raffreddano i flussi di lava vicino alle radici degli alberi o ad altre cose che sporgono dal terreno. La lava di raffreddamento si indurisce completamente prima di riempirsi intorno all'affioramento, creando una cavità.
Le cavità si riempiono quindi di un liquido ricco di silice che contiene tracce di ferro. Nel tempo, questo liquido forma cristalli: piramidi a sei lati (romboedri) di ametista. Cristalli con un colore che va dal lilla chiaro al viola intenso si formano quando c'è una traccia di ferro nel liquido, dando origine a geodi di ametista.