Ekosistem Florida Keys terdiri dari beragam habitat, termasuk hutan bakau, terumbu karang, dan lahan pinus, yang kaya akan spesies unik. Manusia juga merupakan bagian dari ekosistem, dan aktivitas mereka mempengaruhi semua habitat dan hewan serta tumbuhan yang menghuninya. Ekosistem Keys terdiri dari area daratan yang kecil, sehingga dampak aktivitas manusia menjadi lebih besar. Dampak termasuk polusi air, peningkatan spesies invasif, penangkapan ikan berlebihan, efek negatif dari berperahu dan pembangunan perkotaan, dan perubahan iklim global.
Populasi manusia di daerah yang dikenal sebagai Florida Tenggara atau Florida Keys telah tumbuh lebih dari 3,9 juta dari tahun 1970 hingga 2008. Perkebunan jeruk telah digantikan oleh pembangunan perumahan, mal, industri dan jalan raya. Perubahan ini telah membawa kehancuran habitat alami. Selain itu, pencemaran air meningkat, yang disebabkan oleh pengolahan limbah dan septic overflow dan limpasan air hujan yang mengandung minyak, pestisida dan logam berat.
Pada tahun 2010 ada 3,8 juta pengunjung ke Keys. Banyak dari pengunjung ini terlibat dalam kegiatan seperti memancing. Selain turis dan penduduk yang terlibat dalam kegiatan rekreasi ini, penangkapan ikan komersial adalah industri besar di daerah tersebut. Penangkapan ikan yang berlebihan telah menghabiskan spesies di ekosistem Keys, meninggalkan ikan yang lebih kecil dan mengubah interaksi jaring makanan yang kompleks.
Berperahu di daerah tersebut tidak hanya menyebabkan cedera langsung pada manatee yang disebabkan oleh baling-baling, tetapi baling-baling juga telah melukai area lamun yang luas. Perahu kandas dan merusak terumbu karang saat jangkar mengikis formasi yang rapuh ini. Lebih dari 500 grounding terjadi setiap tahun di Keys. Ini menghancurkan habitat dan berdampak negatif pada seluruh rantai makanan, yang menyebabkan hilangnya spesies lebih lanjut.
Saat manusia bergerak, mereka membawa serta spesies dari daerah lain yang dapat dilepaskan ke ekosistem. Spesies ini dapat mengambil tempat tinggal dan karena mereka tidak memiliki predator, menjadi sangat sukses, mengalahkan spesies asli dan mengubah dinamika seluruh ekosistem. Hewan dan tumbuhan invasif di Florida Keys termasuk lionfish dan rumput Guinea. Selain semua dampak lokal langsung dan tidak langsung ini, efek pemanasan global diperkirakan akan memanaskan air di area sebesar 4 hingga 10 derajat Fahrenheit dan menaikkan permukaan laut, mungkin menyebabkan perubahan yang terlalu cepat bagi ekosistem ecosystem perbaikan.
