Részben az Andok északi részén található, a Csendes-óceán és a Karib-tenger partjaival. Kolumbia egyedülálló földrajza öt nagyon megkülönböztető ökoszisztémát hoz létre határain belül: alpesi tundra vagy paramo; esőerdő; nagy magasságú felhőerdők; part menti régiók; és síkság - vagy los llanos. Mivel Kolumbia olyan közel van az Egyenlítőhöz, nem megy át jelentős szezonális eltéréseken.
Paramos
A paramosok olyan magas trópusi ökoszisztémák, amelyeket a tudományos közösség csak most kezd megérteni. Kutatások szerint ezek az egyedülálló ökoszisztémák gyorsabban generálnak új fajokat, mint a Föld bármely más ökoszisztémája. A kolumbiai támasznak 68 törékeny faja ad otthont, virágzó növények, amelyek az elhaladó párák vizét fogják el. Az ökoszisztéma zuzmójával és mohájával együtt a törékenyek kiszűrik és szabályozzák azt a vizet, amely végül Kolumbia alsó szintjeire vezet le. A kolumbiai paramos mintegy 5000 más egyedi növényfajnak is otthont ad.
Felhőerdők
Közvetlenül a támasz alatt a magaslaton Kolumbia felhőerdői találhatók. Ezek az erdők az ország Las Orquídeas nemzeti parkjába tartoznak, amelyet az ott talált több mint 200 orchideafajról neveztek el. A felhőerdők számos más Kolumbiában őshonos fajt tartalmaznak, beleértve a jaguár, puma, majom, szarvas, madarak, denevérek és rovarok fajait is. A felhőerdők a veszélyeztetett szemüveges medvének is otthont adnak. A tudósok úgy vélik, hogy az éghajlatváltozás befolyásolhatja a medve kedvenc étkezési növényeit - arra kényszerítve őket, hogy erősebben és távolabb keressék az ételt, és esetleg versenybe állítsák őket más fajokkal.
Amazon esőerdő
Kolumbia körülbelül egyharmadát az Amazonas fedi le; A világ legnagyobb esőerdőihez hasonlóan ez a terület is számos egyedülálló fajnak ad otthont. 2013-ban a kutatók két új faj felfedezését tárták fel a kolumbiai Amazonon: a Cercosaura hypnoides és a Callicebus caquetensis. A Cercosaura hypnoides egy kis fekete gyík, amelyet veszélyeztetettnek tartanak, a Callicebus caquetensis pedig az Amazonasban élő mintegy 20 titi majomfaj egyike. Amikor ezek a majmok csecsemők, dohogással mutatják meg elégedettségüket és vonzalmukat, mint a cicák.
Parti régiók
A vízi és a szárazföldi ökoszisztémák határán fekvő Kolumbia tengerparti régióiban elsősorban mangrove-erdők élnek. A lebomló szerves anyagok nagy mennyisége miatt ezek a part menti ökoszisztémák nagyon sok halnak adnak otthont. A mangrove-erdők számos mangrove-fajt, valamint a tengeri kéthéjak és puhatestűek növekvő populációját tartalmazzák; a helyi közösségek gyakran betakarítják a piangua hembra néven ismert kéthéjat. Számos emlős lakja ezeket a mangrove-erdőket, beleértve a tigris macskákat, a nutriákat és a vaddisznókat, amelyeket "tatabrónak" neveznek.
Los Llanos (síkság)
A gyepek vagy Los Llanos elsősorban az Orinoco-medence körül terül el, amely Kolumbia és Venezuela között fekszik. Maga a folyó az őshonos és veszélyeztetett Orinoco krokodil otthona, amelyről ismert, hogy elérte a 23 láb hosszúságot. Az Orinoco teknős, az óriás vidra, az óriás armadillo és a fekete-gesztenyés sas a Los Llanos egyéb veszélyeztetett fajai. A síkságon számos vándormadár is helyet kap, mint például a sárgacombok és a vadcsípő számos faja.
