U elektroforezi u gelu, uzorci DNA ili proteina odvajaju se - obično na temelju veličine - primjenom električnog polja koje uzrokuje njihovu migraciju kroz gel. Korištenje gel elektroforeze rutinsko je u biomedicinskim istraživačkim laboratorijima i koristi se za odgovaranje na mnoštvo različitih pitanja, tako da zapravo ne postoji univerzalni način analize rezultata.
Uključuju se, na primjer, različite tehnike poput Western blottinga, Northern blottinga i Southern blottinga elektroforeza u gelu.
Ako radiš agarozni gel elektroforeza uzoraka DNK, najčešći postupak, obično ćete trebati učiniti najmanje dvije stvari: 1) razlikovati nerezane plazmidi iz umetaka, odrezani plazmidi i izrezani plazmidi i, 2) procjenjuju veličinu različitih fragmenata DNA standardnom krivuljom Excel ili kalkulator.
Provjerite laboratorijsku bilježnicu kako biste utvrdili koji su uzorci učitani u koje trake. Kad ste napunili jamice za svoj gel, trebali ste zabilježiti identitet svake trake / uzorka.
Pomoću ravnala izmjerite udaljenost na slici od jažica do boje za praćenje, što hoće su putovali dalje od bilo kojeg od DNA opsega (drugim riječima, nalazit će se na dnu gel). Zabilježite ovaj broj - jedinice koje koristite nisu važne.
Izmjerite udaljenost na svojoj slici od bunara do svakog pojasa na "ljestvama", a zatim podijelite tu udaljenost s udaljenostom koju je prešao praćenje boje bend. Ovaj izračun daje vam relativnu pokretljivost svakog pojasa.
Primjer: Pretpostavimo da je traka boje za praćenje putovala 6 inča, a mi imamo tri trake koja su prešla 5, 4,5 i 3,5 inča.
Kakva je njihova relativna mobilnost? Odgovor: Podijelimo 5, 4,5 i 3,5 sa 6 da bismo dobili relativne pokretljivosti 0,833, 0,75 i 0,5833.
Proizvođač vam daje veličinu svakog fragmenta na ljestvama koje isporučuju, pa biste trebali već imati ove podatke.
Upotrijebite funkciju Trendline na programu za proračunske tablice kako biste jednadžbu prilagodili podacima. Ova jednadžba trebala bi biti jednadžba snage (npr. X ^ -2) i trebala bi relativno dobro odgovarati podacima (R-koeficijent od najmanje 0,9). To stvara krivulju i standardnu krivulju Excel.
Imajte na umu da manji fragmenti DNA putuju dalje kroz gel od velikih fragmenata DNA, tako da će oni najbliži boji za praćenje biti najmanji. Međutim, imajte na umu da ako plazmid (kružna) DNK nije izrezana, postat će "premotana" ili uvijena poput telefonske žice, što će zapravo uzrokovati njezino putovanje dalje nego linearna DNA iste veličine.
Isto tako, "zarezani" plazmid koji je nepotpuno izrezan putovat će a kraće udaljenost od linearne DNA iste veličine. Zbog toga ne možete procijeniti veličinu nerezanih plazmida iz vašeg gela.
Usporedite opsege u svakoj traci s identitetom uzorka koji ste učitali u toj traci i utvrdite je li ono što vidite ono što biste očekivali. To će ovisiti o prirodi vašeg eksperimenta.
Općenito, međutim, ako ste digestirali insertni plazmid s dva restrikcijska enzima, očekivali biste da će se insert osloboditi plazmida.
Budući da je mnogo manji od plazmida, očekivali biste da ćete vidjeti dvije trake u toj traci, jednu pri vrhu, a drugu dolje pri dnu. Plazmid presječen samo jednim restrikcijskim enzimom trebao bi oblikovati samo jednu traku koja putuje malo dalje od plazmida presječen s dva restrikcijski enzimi, ali ni blizu toliko koliko umetak.
Izmjerite udaljenost od jažica do izrezanog plazmida i umetnite trake svojim ravnalom. Podijelite ove brojeve s udaljenostom koju je prešla boja za praćenje kako biste pronašli relativnu pokretljivost umetaka i izrezanih plazmida.