Bakterije su mali jednoćelijski organizmi koji su i korisni i štetni za ljude. Neki oblici bakterija pomažu nam u životu, poput onih koji pomažu u razgradnji hrane u našim crijevima. Drugi oblici, poput bakterija koje uzrokuju bubonsku kugu, mogu čovjeka usmrtiti ako se ne liječi. Postoji mnogo različitih vrsta bakterija i one se odmašu koristeći se različitim metodama. Dvije su primarne metode bakterijskog disanja aerobno disanje i anaerobno disanje.
Aerobno disanje oblika bakterija zahtijeva kisik za život. Kisik koriste kao gorivo kako bi pomogli sagorijevanju energije i osigurali im energiju potrebnu za život. Ova vrsta bakterijskog disanja ista je vrsta koju koriste ljudi, pa otuda i izraz "aerobno vježbanje". Glavni nusprodukt bakterijskog aerobnog disanja je ugljični dioksid.
Mnoge vrste bakterija anaerobno dišu. Drugim riječima, oni mogu proći kroz proces disanja bez prisutnosti kisika. Umjesto da koriste kisik kako bi im pomogli sagorjeti energiju u hrani, ove vrste bakterija koriste druge kemikalije koje se prirodno pojavljuju kako bi stvorile kemijske reakcije i oslobodile energiju koja im je potrebna. Uobičajene kemikalije koje se prirodno pojavljuju uključuju nitrate, sulfate i ugljični dioksid. Anaerobno disanje u bakterijama uglavnom stvara mnoge nusproizvode. Mnogi od ovih nusproizvoda mogu biti toksični ili opasni za ljude, a uključuju etanol i vodik.