Lyse je riječ koja dolazi iz grčkog i znači samo "razdvojiti se" ili "puknuti". Aptralno, izrazi odnosi se na ono što se događa stanicama u puferu za lizu, otopina koja ih otvara da bi se ekstrahirale sadržaj. Znanstvenici koriste pufere za lizu pri vađenju DNK ili proteina iz stanica za analizu, posebno u slučaju bakterija. Vrsta pufera za lizu stanica razlikuje se ovisno o vrsti eksperimenta, iako su slijedeći neki od uobičajenih izbora.
TL; DR (predugo; Nisam pročitao)
Puferi za lizu pomažu razbiti otvorene stanice, tako da se njihovom sadržaju može pristupiti ili ukloniti. Neki primjeri uključuju soli, deterdžente, helatna sredstva i inhibitore i neke alkalne kemikalije.
Pufer i sol
Puferi stabiliziraju pH dok se stanice dijele. Tris-HCL je jedna od najčešćih kemikalija za puferiranje pri pH 8. HEPES je još jedna uobičajena puferska kemikalija u tim eksperimentima. Sol natrijevog klorida također može povećati ionsku snagu, ukupnu koncentraciju otopljenih tvari izvan stanica. Ova posljednja točka ima određenu važnost jer voda može difundirati kroz stanične membrane iz područja s niskom koncentracijom otopljene tvari u područja s visokom koncentracijom otopljene tvari.
Otapanje deterdženata
Deterdženti otapaju stanične membrane kako bi sadržaj stanice mogao pobjeći. Imaju i amfipatsku molekularnu strukturu (tj. Molekule s jednim krajem koji lako stupa u interakciju s molekulama vode, dok drugi hidrofobni ili onaj koji „strahuje od vode“ nema). Oni mogu otopiti masnoće tvoreći micele, male nakupine gdje hidrofobni repovi molekula deterdženta usmjeravaju prema molekuli masti. Uobičajeni deterdženti uključuju natrijev dodecil sulfat ili SDS, NP-40 i tritonX.
Kelatni agensi i inhibitori
Puferi za lizu tipično uključuju i helatna sredstva poput etilendiamintetraoctene kiseline (EDTA) ili etilen glikol tetraoctene kiseline (EGTA). Te se kemikalije vežu na metalne ione s dva pozitivna naboja (npr. Magnezij i kalcij), čineći ih nedostupnima za druge reakcije. Mnoge DNAze (proteini koji žvaču DNA) i proteaze (proteini koji režu ostale proteine) trebaju magnezijeve ione da bi pa im lišavanjem ovog ključnog sastojka EDTA i EGTA pomažu smanjiti razinu proteaze ili DNAse aktivnost. Međutim, oni to ne isključuju u potpunosti, a neke proteaze ne ovise o kofaktorima magnezija, pa puferi za lizu ponekad uključuju i kemikalije zvane inhibitori proteaze, koje se vežu na proteaze i sprječavaju njihovo funkcioniranje pravilno.
Alkalna liza
Alkalna liza, vrlo česta tehnika za pročišćavanje plazmida od bakterija, uključuje tri otopine. Prva sadrži glukozu, tris-HCL pufer, EDTA i RNAze. Glukoza stvara visoku koncentraciju otopljene tvari izvan bakterija, tako da postaju malo mlitave, što im olakšava liziranje. EDTA i tris-HCL funkcioniraju kao što je već opisano, dok će RNAza sažvakati bilo koju RNA unutar stanice kako bi je maknula s puta. Druga otopina zapravo lizira stanice. Ovaj sadrži SDS deterdžent i NaOH, koji podiže pH na 12 ili više, denaturacijom proteina unutar stanice i uzrokujući odvajanje DNA u pojedinačne lance. Treća otopina sadrži kalijev acetat za vraćanje pH na neutralniju razinu kako bi se lanci plazmidne DNA mogli vratiti zajedno. U međuvremenu se denaturirani proteini skupljaju i talože, dok dodecil-sulfatni ioni dolaze zajedno s kalijevim ionima tvore netopljivi spoj, koji se također taloži iz otopine.
