Vodeni ekosustavi sastoje se od međusobno uzajamnih organizama koji se međusobno koriste i vode u kojoj borave ili su u blizini za hranjive sastojke i sklonište. Vodeni ekosustavi podijeljeni su u dvije velike skupine: morska ili slana i slatka, ponekad zvana i kopnena ili nesalinska. Svaka od njih može se dalje podijeliti, ali morski su tipovi tipičnije grupirani od slatkovodnih ekosustava.
Najveći ekosustav
Oceani su najveći od ekosustava, pokrivajući više od 70 posto Zemljine površine. Oceanski ekosustav podijeljen je u četiri različite zone. Najdublja zona ovog morskog ekosustava, zona ponora, ima hladnu vodu pod visokim pritiskom s visokim kisikom, ali niskom razinom hranjivih sastojaka. U ovoj zoni nalaze se grebeni i otvori na dnu oceana koji emitiraju sumporovodik i minerale. Iznad ponorne zone nalazi se bentoska zona, sloj bogat hranjivim tvarima koji sadrži alge, bakterije, gljive, spužve, ribu i drugu faunu. Iznad toga je pelagična zona, u osnovi otvoreni ocean, koji sadrži vodu širokog temperaturnog raspona, površinske morske alge i mnoge vrste riba, kao i neke sisavce. Zona među morskim plimama, gdje se ocean susreće sa kopnom, tijekom plime prekrivena je vodom, a tijekom oseke je kopnena, što joj omogućuje jedinstvenu vegetaciju i životinjski svijet.
Kišne šume mora
Koraljni grebeni pokrivaju samo mali dio Zemljine površine i samo malo veći postotak dna oceana, ali podržavaju veliku raznolikost vodenog života. Koralji za izgradnju grebena postoje samo u plitkim suptropskim i tropskim vodama. Koralji su domaćini fotosintetizirajućih algi i većinu hrane dobivaju iz tih algi, omogućujući dovoljno rasta da tvore velike strukture koje stvaraju vrijedno stanište. Rast temperature vode i sve veće zakiseljavanje vode povezano s povećanjem ugljičnog dioksida najveće su prijetnje s kojima se koraljni grebeni suočavaju. Na lokalnoj razini prekomjerni ulov koralja i prekomjerni ribolov prijete grebenima, kao i invazivnim vrstama i zagađenom oticanju.
Gledajući obale
Poput koraljnih grebena, estuariji se ponekad grupiraju s oceanima kako bi činili morski ekosustav. Ušća se javljaju tamo gdje se susreću slana voda iz oceana i slatka voda koja teče iz rijeka ili potoka, stvarajući jedinstveno stanište orijentirano oko vode koja ima različitu koncentraciju soli i ima visoku razinu hranjivih sastojaka koji proizlaze iz sedimenata koji se talože u rijekama ili potoci.
Jezera i bare
Jezera i ribnjaci, vodna tijela s različitim površinama i volumenima, poznati su i kao lenti ekosustavi, a karakterizira ih nedostatak kretanja vode. Poput oceana, jezera i ribnjaci podijeljeni su u četiri različita područja: primorsko, limnetičko, temeljno i bentosko. Svjetlost prodire u najgornji od njih, primorje, koje sadrži plutajuće i ukorijenjene biljke. Ostale zone također igraju jedinstvene uloge u ekosustavu.
Teče slatka voda
Rijeke, potoci i potoci klasificirani su kao lotički ekosustavi. Te ekosustave karakterizira tekuća slatka voda koja se seli u veću rijeku, jezero ili ocean i prisutna je tijekom dijela ili tijekom cijele godine. Zbog kretanja vode, rijeke i potoci imaju tendenciju da sadrže više kisika nego njihovi lenti rođaci i imaju vrste domaćina koji su prilagođeni vodi koja se kreće.
Mokro tlo i biljke koje vole vodu
Močvare su slatkovodni ekosustavi koje karakterizira prisutnost vode koja može biti duboka nekoliko metara ili jednostavno zasititi tlo, često sezonskim fluktuacijama. Određene vrste tla poznate kao hidrična tla koja se razlikuju od ostalih tala i biljnih vrsta prilagođenih vlažnim uvjetima također karakteriziraju močvare. Močvare su vrlo važne u regulaciji razine vode, filtriranju vode i poboljšanju kakvoće vode, smanjenju opasnosti od poplave i pružanju vrijednog staništa za biljke i životinje.