Vrlo malo bakterija stvara endospore. Samo neke od tih vrsta u vrsti Firmicute proizvode endospore, koje su nerazmnožavajuće strukture koje sadrže DNA i dio citoplazme. Endospore nisu istinske spore jer nisu potomci bakterije. Endospore nastaju kada su bakterije podvrgnute ekstremnim ili nepovoljnim uvjetima okoliša. Mogu preživjeti dulje vrijeme, čak i kad su gladni hrane i kada su izloženi kemikalijama i temperaturama koje bi normalno ubile bakterije.
Bacil bakterije
Bakterije iz roda Bacillus najčešće su proučavane od svih bakterija koje proizvode endospore. Bakterije Bacillus su raznolike i uspijevaju u mnogim različitim okruženjima. Endospore ove bakterije vrlo su otrovne za mnoge organizme, uključujući ljude. Patogen Bacillus anthracis dobro je poznati toksin koji su koristili i znanstvenici i teroristi. Međutim, postoje mnoge druge vrste Bacillus.
Klostridijske bakterije
Kao i druge vrste bakterija koje proizvode endospore, Clostridium bakterije su gram-pozitivne, što ukazuje da imaju slične karakteristike poput strukture staničnih stijenki. Gram-pozitivne bakterije osjetljive su na iste ili usko povezane antibiotike. Bakterije iz roda Clostridium odgovorne su za širok spektar ljudskih bolesti, od blagog trovanja hranom do botulizma, kao i tetanusa i plinske gangrene.
Desulfotomaculum Bakterije
Slično drugim bakterijama koje proizvode endospore, i bakterije iz roda Desulfotomaculum odgovorne su za kvarenje hrane i bolesti. Bakterija desulfotomaculum može prouzročiti kvarenje hrane u konzervama. Tamo gdje ih ima u izobilju, proizvode neugodan miris sličan sumporu.
