शायद सबसे महत्वपूर्ण तरीका है कि मोल्ड बीजाणु जीवाणु एंडोस्पोर से भिन्न होते हैं, यह है कि मोल्ड को तथाकथित उच्च कवक के रूप में वर्गीकृत किया जाता है। जैसे कि वे बताते हैं कि जीवविज्ञानी यूकेरियोटिक कोशिका प्रकार को क्या कहते हैं। दूसरी ओर बैक्टीरियल एंडोस्पोर बैक्टीरिया से बनते हैं, जो एक समूह के रूप में होते हैं, जिन्हें प्रोकैरियोटिक कोशिका प्रकार के रूप में वर्गीकृत किया जाता है। प्रोकैरियोटिक कोशिका और यूकेरियोटिक कोशिका के बीच का अंतर जीव विज्ञान में एक मौलिक है। सरल शब्दों में, जीवाणु कोशिका संरचनात्मक रूप से बहुत सरल है।
यूकेरियोटिक कोशिका - जैसे कि मोल्ड बीजाणुओं में होती है - ऑर्गेनेल नामक कोशिकीय संरचनाओं के एक जटिल से परिपूर्ण होती है। ऑर्गेनेल सभी प्रकार के सेल कार्यों को अंजाम देते हैं और सबसे विशिष्ट जीवों में से एक नाभिक है। मोल्ड बीजाणुओं के यूकेरियोटिक कोशिका केंद्रक में डीएनए होता है जो कोशिका को कार्य करने और पुन: उत्पन्न करने की अनुमति देता है। यह जीवाणु एंडोस्पोर के विपरीत है जिसमें कोशिका के कोशिका द्रव्य में डीएनए कमोबेश मुक्त होता है।
नाभिक के अलावा, यूकेरियोटिक मोल्ड बीजाणु कोशिका में एंडोप्लाज्मिक रेटिकुलम या ईआर जैसे अंग होते हैं। ईआर अनिवार्य रूप से मुड़ी हुई झिल्लियों के चक्रव्यूह की तरह है जिसमें कोशिका के लिए महत्वपूर्ण कई जैव रासायनिक प्रक्रियाएं की जाती हैं। मोल्ड बीजाणुओं में ईआर नाभिकीय आवरण से जुड़ा होता है, एक झिल्ली जो कोशिका के केंद्रक को घेरे रहती है। जीवाणु एंडोस्पोर में इस व्यवस्था की कमी होती है।
बैक्टीरियल एंडोस्पोर में यूकेरियोटिक मोल्ड बीजाणुओं में मौजूद सेलुलर परिष्कार के स्तर में से कोई भी विशेषता नहीं है। बैक्टीरियल एंडोस्पोर्स और मोल्ड स्पोर्स के बीच एक और अंतर - उनके मौलिक सेल प्रकार के अंतर के अलावा - वे अपने संबंधित जीवों के जीवन इतिहास में भूमिका निभाते हैं। एक जीवाणु एंडोस्पोर एक प्रतिरोधी संरचना है जो एक जीवाणु की कोशिका के भीतर बनती है। मोल्ड बीजाणुओं के विपरीत, जीवाणु एंडोस्पोर विशेष रूप से प्रतिकूल पर्यावरणीय परिस्थितियों का विरोध करने के लिए अनुकूलित है। बैक्टीरियल एंडोस्पोर्स की एक प्रमुख विशेषता एक यौगिक है जिसे डिपिकोलिनिक एसिड कहा जाता है। यह यौगिक, हालांकि मोल्ड बीजाणुओं में प्रचलित नहीं है, प्रतिकूल पर्यावरणीय परिस्थितियों के लिए जीवाणु एंडोस्पोर के प्रतिरोध की मध्यस्थता में सहायक है।
बैक्टीरियल एंडोस्पोर्स और मोल्ड स्पोर्स के बीच कई अन्य अंतर हैं। उनमें से अधिकांश, फिर से, यूकेरियोटिक और प्रोकैरियोटिक कोशिका के बीच मूलभूत अंतर से संबंधित हैं। पहले से वर्णित जीवों के अलावा कई अन्य अंग मोल्ड बीजाणु में मौजूद होते हैं लेकिन जीवाणु एंडोस्पोर में अनुपस्थित होते हैं। इनमें गॉल्गी उपकरण नामक एक संरचना और तथाकथित न्यूक्लियोलस जैसी अन्य शामिल हैं। न्यूक्लियोलस यूकेरियोटिक कोशिकाओं के नाभिक के भीतर एक संरचना है और कोशिका कार्य के लिए महत्वपूर्ण प्रोटीन संश्लेषण में सक्रिय है। बैक्टीरियल एंडोस्पोर मोल्ड बीजाणुओं के समान आवश्यक जीवन कार्यों में से कई को पूरा करते हैं, लेकिन वे मोल्ड बीजाणु में चित्रित परिष्कृत जीवों के लाभों के बिना ऐसा करते हैं।