फ़्लोरिडा कीज़ पारिस्थितिकी तंत्र में विविध आवास शामिल हैं, जिनमें मैंग्रोव, प्रवाल भित्तियाँ और पाइनलैंड शामिल हैं, जो अद्वितीय प्रजातियों से समृद्ध हैं। मनुष्य, भी, पारिस्थितिकी तंत्र का हिस्सा हैं, और उनकी गतिविधियाँ सभी आवासों और उनमें रहने वाले जानवरों और पौधों को प्रभावित करती हैं। कीज़ इकोसिस्टम भूमि के एक छोटे से क्षेत्र से बना है, इसलिए मानवीय गतिविधियों के प्रभाव को बढ़ाया जाता है। प्रभावों में जल प्रदूषण, बढ़ी हुई आक्रामक प्रजातियां, अत्यधिक मछली पकड़ना, नौका विहार और शहरी विकास से नकारात्मक प्रभाव और वैश्विक जलवायु परिवर्तन शामिल हैं।
दक्षिणपूर्व फ़्लोरिडा या फ़्लोरिडा कीज़ के नाम से जाने जाने वाले क्षेत्र की मानव आबादी में १९७० से २००८ तक ३.९ मिलियन से अधिक की वृद्धि हुई है। ऑरेंज ग्रोव ने आवास विकास, स्ट्रिप मॉल, उद्योग और राजमार्गों को रास्ता दिया है। इन परिवर्तनों ने प्राकृतिक आवासों के विनाश को जन्म दिया है। इसके अलावा, सीवेज उपचार और सेप्टिक अतिप्रवाह और तूफान के पानी के प्रवाह के कारण जल प्रदूषण में वृद्धि हुई है जिसमें तेल, कीटनाशक और भारी धातु शामिल हैं।
2010 में कीज़ के 3.8 मिलियन विज़िटर थे। इनमें से कई आगंतुक मछली पकड़ने जैसी गतिविधियों में लगे हुए हैं। इन मनोरंजक गतिविधियों में शामिल पर्यटकों और निवासियों के अलावा, वाणिज्यिक मछली पकड़ना क्षेत्र में एक बड़ा उद्योग है। ओवरफिशिंग ने कीज इकोसिस्टम में प्रजातियों को समाप्त कर दिया है, जिससे छोटी मछलियां निकल रही हैं और जटिल खाद्य वेब की बातचीत बदल रही है।
इस क्षेत्र में नौका विहार से न केवल प्रोपेलर के कारण होने वाले मैनेटेस को सीधी चोट लगी है, बल्कि प्रोपेलर ने समुद्री घास के बड़े क्षेत्रों को भी नुकसान पहुंचाया है। नावें चारों ओर दौड़ती हैं और प्रवाल भित्तियों को नुकसान पहुंचाती हैं क्योंकि लंगर इन नाजुक संरचनाओं में खुरचते हैं। कीज़ में हर साल 500 से अधिक ग्राउंडिंग होते हैं। यह आवास को नष्ट कर देता है और पूरी खाद्य श्रृंखला को नकारात्मक रूप से प्रभावित करता है, जिससे आगे प्रजातियों का नुकसान होता है।
जैसे-जैसे मनुष्य आगे बढ़ते हैं, वे अपने साथ अन्य क्षेत्रों से ऐसी प्रजातियाँ लाते हैं जो पारिस्थितिकी तंत्र में मुक्त हो सकती हैं। ये प्रजातियां निवास कर सकती हैं और क्योंकि उनके पास कोई शिकारी नहीं है, वे बहुत सफल, प्रतिस्पर्धी देशी प्रजातियां बन जाती हैं और पूरे पारिस्थितिकी तंत्र की गतिशीलता को बदल देती हैं। फ़्लोरिडा कीज़ में आक्रामक जानवरों और पौधों में लायनफ़िश और गिनी घास शामिल हैं। इन सभी स्थानीय प्रत्यक्ष और अप्रत्यक्ष प्रभावों के अलावा, ग्लोबल वार्मिंग के प्रभावों की भविष्यवाणी की जाती है कि पानी गर्म हो जाएगा 4 से 10 डिग्री फ़ारेनहाइट तक क्षेत्र और समुद्र के स्तर को बढ़ाते हैं, संभवतः उन परिवर्तनों का कारण बनते हैं जो पारिस्थितिकी तंत्र के लिए बहुत तेज़ हैं मरम्मत।