ट्रांसमिशन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप (टीईएम) और स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप (एसईएम) अत्यंत छोटे नमूनों को देखने के लिए सूक्ष्म तरीके हैं। टीईएम और एसईएम की तुलना नमूना तैयार करने के तरीकों और प्रत्येक तकनीक के अनुप्रयोगों में की जा सकती है।
दोनों प्रकार के इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी इलेक्ट्रॉनों के साथ नमूने पर बमबारी करते हैं। TEM वस्तुओं के अंदर के अध्ययन के लिए उपयुक्त है। धुंधलापन कंट्रास्ट प्रदान करता है और कटिंग परीक्षा के लिए अति पतले नमूने प्रदान करता है। टीईएम वायरस, कोशिकाओं और ऊतकों की जांच के लिए उपयुक्त है।
एसईएम द्वारा जांचे गए नमूनों को अतिरिक्त इलेक्ट्रॉनों को इकट्ठा करने के लिए सोने-पैलेडियम, कार्बन या प्लैटिनम जैसे प्रवाहकीय कोटिंग की आवश्यकता होती है जो छवि को अस्पष्ट कर देगा। SEM मैक्रोमोलेक्यूलर समुच्चय और ऊतकों जैसी वस्तुओं की सतह को देखने के लिए अच्छी तरह से अनुकूल है।
एक इलेक्ट्रॉन बंदूक एक कंडेनसर लेंस द्वारा केंद्रित इलेक्ट्रॉनों की एक धारा उत्पन्न करती है। संघनित बीम और संचरित इलेक्ट्रॉनों को एक उद्देश्य लेंस द्वारा फॉस्फोर छवि स्क्रीन पर एक छवि में केंद्रित किया जाता है। छवि के गहरे क्षेत्रों से संकेत मिलता है कि कम इलेक्ट्रॉनों का संचार किया गया था और वे क्षेत्र मोटे हैं।
टीईएम के साथ, एक लेंस द्वारा एक इलेक्ट्रॉन बीम का उत्पादन और संघनित किया जाता है। यह SEM पर एक कोर्स लेंस है। एक दूसरा लेंस इलेक्ट्रॉनों को एक तंग, पतली किरण में बनाता है। कॉइल का एक सेट टेलीविजन के समान बीम को स्कैन करता है। एक तीसरा लेंस बीम को नमूने के वांछित भाग में निर्देशित करता है। बीम एक निर्दिष्ट बिंदु पर रह सकता है। बीम पूरे नमूने को प्रति सेकंड 30 बार स्कैन कर सकता है।