L'apparence de la couleur dans l'œil d'une personne est fonction des pigments contenus dans l'iris. Des couleurs spécifiques sont déterminées par les gènes de l'individu, ce qui rend certaines couleurs des yeux plus courantes que d'autres.
La couleur des yeux la plus répandue dans le monde est le brun. Une grande quantité de mélanine, le pigment qui cause également des cheveux et un teint plus foncés, provoquera la couleur des yeux bruns. Les yeux très foncés peuvent sembler noirs. Les yeux bruns sont communs à toutes les races et dans toutes les régions du monde.
Les couleurs des yeux moins courantes incluent le bleu (trouvée chez les personnes d'origine européenne avec des niveaux inférieurs de mélanine), noisette (une combinaison de vert et de brun), de gris (une variante du bleu mélangé à d'autres teintes) et de vert (généralement consolidé chez les peuples nordiques origine). La plus rare de ces couleurs est le vert avec seulement un à deux pour cent de toutes les personnes nées avec des yeux verts naturels.
Les couleurs des yeux les plus rares sont l'ambre, le violet et le rouge. L'ambre est le résultat du lipochrome pigment jaune. On pense que les yeux violets sont le résultat d'un manque de pigments suffisants pour remplir tout l'œil, permettant aux vaisseaux sanguins de devenir visibles. Le rouge, probablement la plus rare de toutes les couleurs des yeux humains, est le résultat de l'albinisme, où l'œil manque de pigment.