Le Western blot est l'une des procédures les plus courantes dans les laboratoires biochimiques. Fondamentalement, il sépare les protéines d'un échantillon par taille, puis teste à l'aide d'anticorps pour déterminer si une protéine donnée est présente. C'est utile non seulement dans la recherche mais aussi dans les laboratoires médicaux ou de diagnostic; les tests pour le VIH et la maladie de Lyme, par exemple, impliquent un test ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay), suivi d'un Western blot si le test ELISA est positif. Malgré sa popularité, cependant, le Western blot présente plusieurs inconvénients.
Non quantitatif
Les transferts occidentaux classiques ne sont pas quantitatifs. En d'autres termes, s'ils peuvent dire aux chercheurs si une protéine particulière est présente, ils ne permettent pas de quantifier la quantité de protéine présente. Certaines sociétés de biotechnologie vendent désormais des kits qui permettent aux chercheurs ou aux techniciens de laboratoire de quantifier la quantité de protéine présente en utilisant une courbe standard - mais cela ne fonctionne que si des échantillons purs de la même protéine sont disponible. De plus, le poids moléculaire d'une protéine ne peut être estimé qu'avec le Western blot, plutôt que déterminé avec précision comme avec la spectrométrie de masse.
Anticorps
Un Western blot ne peut être effectué que si des anticorps primaires contre la protéine d'intérêt sont disponibles. Alors que des anticorps pour de nombreuses protéines différentes sont disponibles auprès des sociétés de biotechnologie, ils ne sont pas bon marché; si des anticorps primaires ne sont pas disponibles pour une protéine donnée, il ne sera pas possible d'effectuer un Western blot à la recherche de cette protéine particulière. De plus, les chercheurs peuvent vouloir déterminer si une protéine a été modifiée d'une manière ou d'une autre - si elle a été phosphorylée (a eu un groupe phosphate qui lui est attaché), par exemple - et avec la technique de Western blot, ils ont besoin d'anticorps spécifiques à la modification protéine.
Formation
Il peut être difficile d'effectuer un Western blot correctement et d'obtenir de bons résultats, le personnel doit donc être bien formé. En cela comme en bien d'autres, l'expérience est peut-être le meilleur précepteur; même pour un technicien expérimenté, cependant, un Western blot prend du temps. La partie électrophorèse sur gel de l'expérience, par exemple, prendra typiquement de une à deux heures pour s'exécuter. D'autres tâches peuvent être effectuées pendant que le gel fonctionne, bien sûr, mais l'expérience prend encore un certain temps pour obtenir des résultats.
Autres limites
Les anticorps peuvent parfois présenter une liaison hors cible, ce qui peut entraîner de moins bons résultats. De plus, avec le Western Blot, vous utilisez un anticorps contre une protéine spécifique, vos résultats ne vous diront donc que si cette protéine était présente. La spectrométrie de masse à haute résolution, en revanche, révèle toutes les protéines présentes dans un échantillon, et contrairement au Western blot classique, elle est quantitative. Il est important de se rappeler, bien sûr, que la spectrométrie de masse est beaucoup plus chère et aussi plus techniquement difficile à utiliser que le Western blot.
