Les conifères présentent deux types de cônes: le cône à pollen et le cône à graines. Certains conifères ont les deux types de cônes sur le même arbre, ce qui permet à l'arbre de se polliniser. La pollinisation croisée se produit lorsqu'un arbre ne produit que des cônes de graines et doit donc être fertilisé par le pollen dérivant vers les cônes de graines à partir de cônes de pollen situés sur d'autres arbres à proximité.
Les cônes à pollen sont typiquement plus petits et plus larges que les cônes à graines. Les cônes de pollen ont tendance à se faner et à mourir une fois que le pollen à l'intérieur des cônes a été libéré pour fertiliser les cônes de graines. Dans sa phase de dormance, un bourgeon de conifère peut être mâle, femelle ou végétatif. La distinction entre les types de bourgeons à ce stade n'est possible que par dissection. Un indice qui peut aider à l'identification des cônes de pollen est son emplacement. Les cônes de graines ont tendance à se développer plus haut dans l'arbre pour faciliter la dispersion une fois que les graines sont pollinisées.
Les cônes à graines sont couramment utilisés pour identifier le type d'arbre, car ils restent sur ou sous l'arbre pendant une période plus longue. Les bourgeons minces des cônes à graines gonflent pendant quatre à six semaines jusqu'à ce que les écailles ovulifères rouges ou vertes commencent à émerger. Les écailles ont tendance à se replier vers le haut à partir de la base du cône, puis à s'affaisser vers le bas après avoir accepté le pollen des cônes polliniques pour initier le développement des graines et signaler la maturité du cône.
Certains conifères n'ont ni pollen ni cônes de graines. Au lieu de cela, l'arbre produit des fruits qui recouvrent partiellement les graines. L'if du Canada est un exemple de conifère produisant de l'arille qui contient une couverture charnue pour contenir les graines de l'arbre. Afin d'éviter une perte excessive de graines due aux prédateurs d'animaux et d'oiseaux qui peuvent souhaiter se nourrir des fruit de l'if, cet arbre s'est adapté pour que son fruit soit toxique et que les graines restent paisible.
Les conifères à cônes, ou pinophytes, sont classés comme gymnospermes (à graines nues) parce que leurs ovules et leurs graines ne sont pas enfermés dans les ovaires ou trouvés dans les enveloppes protectrices des fruits. Si un conifère a à la fois des cônes de pollen et de graines sur le même arbre, il est en outre classé comme un sporophyte diploïde. Une fois que les graines sont formées après la pollinisation, les écailles du cône s'ouvrent pour libérer les graines pour la dispersion par l'eau, le vent et le mouvement de l'homme et des animaux.