Le Cambodge a le troisième taux de déforestation le plus élevé au monde, motivé par la récolte de bois ainsi que par la coupe à blanc pour l'agriculture. La déforestation détruit les habitats et perturbe l'équilibre des sols tropicaux délicats. Sans arbres qui maintiennent le sol en place et reconstituent la matière organique avec de la litière de feuilles, le sol s'érode rapidement et perd une grande partie de sa fertilité au cours des premières années de culture.
Les écosystèmes côtiers du Cambodge, dont beaucoup sont des forêts de mangroves qui offrent d'importantes frayères aux poissons et une protection contre les inondations, sont menacés par plusieurs facteurs. Les écosystèmes côtiers sont étouffés par les sédiments emportés par les zones récemment déboisées à l'intérieur des terres. Ces eaux transportent également des pesticides et des engrais dangereux. Les élevages de crevettes mal réglementés provoquent le défrichement des mangroves et libèrent un excès de nutriments dans l'eau, entraînant la prolifération d'algues et la perturbation de l'écosystème.
À mesure que le Cambodge s'industrialise, les gens affluent vers les zones urbaines, qui se développent trop rapidement pour que les infrastructures d'assainissement puissent suivre. De nombreuses régions n'ont pas de systèmes d'égouts, ou ils sont au mieux dysfonctionnels. Les eaux usées et les effluents industriels contaminent les eaux souterraines et les eaux de surface dans de nombreuses zones urbaines. Les déchets solides dangereux se retrouvent souvent dans des décharges ouvertes où ils peuvent s'infiltrer dans les eaux souterraines ou être emportés par le vent.
