Teadlased võivad DNA lagundada või järjestada selle nukleotiidideks, mis võivad näiteks inimesele öelda, kui tal on geneetiline haigus. Tavalised DNA eraldamise meetodid hõlmavad isopropanooli või etanooli kasutamist protsessi ühes etapis. Rakud sisaldavad aga paljusid muid molekule nagu valgud ja lipiidid ning teadlased soovivad loomulikult saada võimalikult puhta DNA lahuse.
DNA eraldamise meetodid hõlmavad tavaliselt mitut etappi: rakud tuleb lahti murda, membraanilipiidid tuleb eemaldada ja DNA tuleb eraldada valkudest, RNA-st ja muust saasteained. Kaks tüüpilist protokolli on aluseline lüüs bakteriaalse plasmiidi DNA ekstraheerimiseks ja ekstraheerimine fenool-kloroformiga. Mõlemas meetodis on nukleiinhapete sadestamine etanooliga või isopropanooliga üks viimaseid etappe. Kui DNA või RNA on sadestunud (lahusest välja kukkunud), saab selle vees uuesti suspendeerida.
Etanool on hea lahusti
Nii etanool kui ka isopropanool segunevad veega hästi (segunevad), kuid neil on madalamad dielektrilised konstandid kui vees, see tähendab, et nende võime kaitsta lahuses positiivseid ja negatiivseid laenguid ning hoida neid eraldatuna on palju vaesem. Näiteks vee dielektriline konstant on 78,5, etanooli konstant on 24,3. DNA on negatiivselt laetud, nii et seda meelitavad lahuses olevad positiivsed ioonid nagu kaalium või naatrium. Etanoolil on veest halvem võime hoida positiivselt laetud ioone ja DNA lahus.
Etanool suurendab DNA kontsentratsiooni
Etanool muudab DNA muul põhjusel vähem lahustuvaks. Kuna etanoolimolekulid võivad moodustada vastastikmõjusid, mida nimetatakse vesiniksidemeteks, koos veemolekulidega, vähendavad nad DNA hüdreerimiseks saadaolevate veemolekulide arvu. Selle efekti ja madalama dielektrilise konstandi vahel paneb etanool DNA DNA agregeeruma lahuses positiivsete ioonidega, moodustades toru põhjas tahke aine või sade. DNA sadestamine muudab selle kontsentreeritumaks, kuna teisi lahuses olevaid saasteaineid ei sadestata samal ajal.
Protsessi lisategurid
Etanoolipesuga eemaldatakse ka madala molekulmassiga saasteained, näiteks soolad ja detergendid. Valitud sool võib varieeruda sõltuvalt sellest, kas on vaja naatriumdodetsüülsulfaadi (SDS) detergenti sadestada varasemast etapist; näiteks kaaliumdodetsüülsulfaat on lahustumatu ja sadestub, mistõttu kaaliumatsetaadi kasutamine leeliselises lüüsis võib SDS-i eemaldada enne etanooli / isopropanooli lisamist. RNA sadestamiseks võib etanooli kasutada ka samadel põhjustel, ehkki RNA sadestamiseks on tavaliselt vaja rohkem etanooli.