DNA analüüs hõlmab erinevat tüüpi molekulaarseid katseid ja bioloogilisi protseduure. DNA on habras ja keeruline tooraine, mistõttu selle käsitsemine ja analüüsimine eeldab parimat kvaliteeti ja puhtaimat kemikaalide ettevalmistamist. Sõltuvalt analüüsist on DNA uurimisse kaasatud sadu kemikaale, alates happelistest ja aluselistest lahustest kuni puhvrite ja värvaineteni. Mõne kemikaali kasutamise mõistmine on edukate katsete läbiviimise ja täpsete, usaldusväärsete ja reprodutseeritavate tulemuste saavutamise võti.
Etüleendiamiintetraatsetaat DNA puhastamiseks
Teadustööks puhastatakse kolme tüüpi DNA-d: genoomist pärinev DNA (genoomne DNA), kogu rakust saadud DNA (kogu DNA) või plasmiidid, mis võivad ise paljuneda. Rakkude kogu DNA puhastamisel kasutatakse kemikaale, mis võimaldavad raku lagunemisel hävitada raku paljusid membraane. Keemilist etüleendiamiintetraatsetaati (EDTA) kasutatakse sageli magneesiumioonide eemaldamiseks, mis on vajalikud rakuseinte jäikus, põhjustades nende nõrgenemist nii, et nad varisevad või rebenevad, vabastades raku sisu ja DNA analüüs. Lisaks kaitseb ja säilitab EDTA DNA terviklikkust, inhibeerides rakus tavaliselt esinevaid ensüüme, mis võivad DNA killustada ja muuta selle kasutuskõlbmatuks.
Magneisiumkloriid DNA amplifitseerimiseks
Polümeraasi ahelreaktsioon (PCR) on keeruline analüüsimeetod, mida kasutatakse DNA molekuli mitme tuhande koopia amplifitseerimiseks, kuid see on täis tehnilisi probleeme ja ebatäpsusi. Seetõttu viivad paljud teadlased rutiinselt läbi mitu erinevat PCR-komplekti, et leida konkreetse huvipakkuva geeni jaoks kõige optimaalsem seisund ja parameetrid. Üks sellise optimeerimise teostamiseks kasutatav kemikaal on magneesium, mis stabiliseerib PCR-is kasutatud DNA polümeraasi ensüümi ja toimib ensüümi aktiivsuse olulise koefaktorina. PCR-de jaoks kasutatakse magneesiumi magneesiumkloriidi puhvri kujul.
Etiidiumbromiid DNA värvimiseks
Etiidiumbromiid on värvaine, mis seondub DNA-ga, libisedes interkalatsioonina tuntud protsessis DNA topeltheeliksi moodustavate nukleotiidide vahele. Seejärel saab seda värvaineid ultraviolettlambiga valgustada, et oleks võimalik visualiseerida DNA, millega etiidiumbromiid on seotud. Etiidiumbromiidi nõuetekohaseks nägemiseks on vaja vähemalt 1 nanogrammi DNA-d, seetõttu on see üks viis PCR-ga amplifitseeritud DNA tuvastamiseks. Kuigi see on odav ja laialt kasutatav, on see ka mutageenne kemikaal, mis teadaolevalt põhjustab vähki, mistõttu on selle kasutamine laborites väga reguleeritud ja paljud teadlased on hakanud kasutama vähem toksilisi alternatiive.