Kivistisi säilitatakse kahel peamisel viisil: muutmata ja muutmata. Muudatustega säilitamine hõlmab karboniseerimist, kivistumist, ümberkristallimist ja asendamist. Muudatusteta säilitamine hõlmab vormide kasutamist ja kaudsete tõendite kogumist.
Karboniseerimine
Karboniseerimine toimub sageli taimede ja pehmete organismide säilitamisel. Taime või looma jäänused purustatakse kivimi raskuse alla. Gaasid, sealhulgas vesinik, lämmastik ja hapnik, eraldatakse gaasist kuumuse ja kokkusurumise käigus. Maha jääb süsinikfilm, mulje kunagisest elusolendist.
Kivistumine
Mõnikord nimetatakse permineraliseerumiseks kivinemist, kui poorne materjal, nagu luu või kest, täidetakse säilitusainega nagu kaltsiumkarbonaat või ränidioksiid. Algne kest või luu mattub maapinna alla ja vesi tungib pinnale. Põhjavesi sisaldab kaltsiumkarbonaati, mis täidab materjalis olevad tühjad kohad, mis aja jooksul karastavad ja täidavad poorid mineraale, mis säilitavad eseme.
Ümberkristallimine
Rekristalliseerumine toimub sageli kestfossiilides ja see on protsess, mille käigus väike molekul kristallub kest, mis on sageli moodustatud ühest kaltsiumkarbonaadi tüübist, võib muunduda teist tüüpi kaltsiumiks karbonaat. See stabiliseerib kest ja muudab selle fossiiliks.
Asendamine
Nii koorikloomade kui ka puidu puhul on asendamine see, kui algse elusolendi aatomkoostis asendatakse rakk rakuga uue keemilise struktuuriga. Tavaliselt määrab originaali asendava kemikaali põhjavesi, milles fossiil asub. Levinud asendusviis on silifitseerimine. See on siis, kui algsed elusjäänused asendatakse ränidioksiidiga nagu kivistunud metsade puhul.
Casting
Valamine ja vormimine on fossiilide säilitamise kaudne viis. Sel juhul tähendab kaudne, et orgaanilise aine keemiline koostis ei muutu, pigem asetub see ainesse, mis jätab asjast mulje. Levinumad näited hõlmavad sõnajala lehtede ja teokarpide valamist.
Jälgi fossiile
Jälgi fossiile on veel üks fossiilide kaudse säilitamise tüüp. Fossiilide jäljed on näiteks jalajäljed ja suusarajad. Dinosaurused ja muud eelajaloolised loomad liikusid läbi metsaaluse ja mööda pinnast, mis hiljem kaeti muude prahtidega. Mõnel juhul olid nende rajad säilinud ja neid saab maast üles kaevata ja välja lõigata. Teine fossiilijälgede näide on loomasõnnik. Säilinud fossiilunud sõnnik annab fossiiliekspertidele tõendeid iidsetest toiduallikatest ja eelajaloolise seedesüsteemi struktuurist.