Kilpkonnad on planeedil Maa kõigi iidsete loomaliikide seas. Arvatakse, et kilpkonnad on pärit juba 279 miljonit aastat tagasi, muutes nad liikideks, mis on vanemad kui vanimadki dinosaurused. Nende auväärsete loomade mõju ökosüsteemidele on tohutu ja miljonite aastate jooksul on nad kohanenud paljude erinevate elupaikade ja süsteemidega.
Merikilpkonnad ja ookeani ökosüsteemid
Paljude merikilpkonnade jaoks on peamine toitumisallikas mererohi. Merihein kasvab madalates ookeanipõhjades paksudes peenardes. Merikilpkonnade pidev toitmine sellel murul hoiab peenrad trimmis ja korras, takistades nende pikkade ja ebatervislike kasvamist. Kuna need mererohusängid on väikeste kalade paljunemiseks ja kudemiseks esmatähtsad, on tervislikud mererohupõhjad ookeanides elavate väikekalade populatsioonide jaoks üliolulised. Ilma merikilpkonnade sisendita libiseks ookeani ökosüsteem tasakaalust välja.
Merikilpkonnad ja ranna ökosüteemid
Kui merikilpkonnad veedavad suurema osa oma elust meres, tulevad nad munema panemiseks randa. See oluline osa kilpkonna elust mõjutab olulisel määral ka ranna ökosüsteemi. Ilma taimedeta, nagu rannarohi, alluks rand erosioonile; neid taimi viljastavad haudumata munad ja kilpkonnade väljaheited rannas. See toitumine on rannaökosüsteemi ellujäämiseks ülioluline.
Mageveekilpkonnad ja troopilised ökosüsteemid
Paljudes troopilistes ökosüsteemides on kilpkonnad kõige arvukamate selgroogsete loomade hulgas. Mõnes Austraalia piirkonnas on registreeritud kilpkonnaliikide biomass - kilpkonnade netomass nende keskkonnas - koguni 586 kilogrammi hektari kohta. Nendes keskkondades mängib nende loomade tohutu arv ökosüsteemi toimimises tohutut rolli, eriti seemnete levitamisel. Kilpkonnad söövad taimi ja ladestavad seemned väljaheidetesse, seemned õitsevad seejärel. Samuti on kilpkonnade munad loomadele peamisteks toiduallikateks, näiteks bandikotid, rotid, maod ja sisalikud.
Mageveekilpkonnad ja ökosüsteemi häired
Kuigi nii magevee- kui ka merikilpkonnadel on looduslikele ökosüsteemidele tohutult positiivne mõju, on need ökosüsteemid tõhusad mehhanismid ja neid ei toeta üks liik. Kui välised mõjud viivad need ökosüsteemid tasakaalust välja, võivad kilpkonnad seda palju mõjutada. Stephen H. uuring Bennett ja Kurt A. Buhlmann leidis, et kanakilpkonnade populatsioon USA kaguosas on saanud tõsise löögi inimeste veeteede muutmise ja teede ehitamise tõttu. Kanakilpkonnasid on üha sagedamini leitud surnuna uute teede äärtest, surmatud mööduvate autode poolt. Inimeste sekkumine pole ainus ökosüsteemi nihe, mis on mõjutanud mageveekilpkonni. Mageveekogude liivakohtade koloniseerimine tulesipelgate poolt on häirinud kilpkonnade kudemisharjumusi, mistõttu on vähem tõenäoline, et haudepojad ellu jäävad.