Kambodžas on metsade hävitamise määr maailmas suuruselt kolmas, seda ajendatuna nii puidu saagist kui ka lageraiest põllumajanduse jaoks. Metsade hävitamine hävitab elupaiku ja häirib õrna troopilise pinnase tasakaalu. Ilma puudeta, mis hoiaksid mulda paigal ja täiendaksid orgaanilisi aineid leheprügiga, erodeerub muld kiiresti ja kaotab suure osa oma viljakusest esimestel harimisaastatel.
Kambodža ranniku ökosüsteeme, millest paljud on mangroovimetsad, mis pakuvad kaladele olulist kudemispaika ja kaitsevad üleujutuste eest, ohustavad mitmed tegurid. Ranniku ökosüsteeme lämmatab hiljuti metsa raiutud sisemaalt lahti uhutud sete. Nendes vetes on ka ohtlikke pestitsiide ja väetisi. Halvasti reguleeritud krevetifarmid põhjustavad mangroovide puhastamist ja liigsete toitainete vabanemist vette, mille tulemuseks on vetikate ülekasv ja ökosüsteemi häired.
Kambodža industrialiseerudes voolavad inimesed linnapiirkondadesse, mis kasvavad liiga kiiresti, et kanalisatsioonitaristu saaks sammu pidada. Paljudes piirkondades pole kanalisatsioonisüsteeme või on need parimal juhul düsfunktsionaalsed. Reovesi ja tööstuslik heitvesi saastavad paljudes linnapiirkondades põhja- ja pinnavett. Ohtlikud tahked jäätmed leiavad sageli tee prügimägede avamiseks, kus need võivad põhjavette imbuda või tuul puhuda.