En la Tierra, la energía del sol impulsa los vientos; así que en Neptuno, donde el sol parece no mucho más grande que una estrella, es de esperar vientos débiles. Sin embargo, lo opuesto es verdadero. Neptuno tiene los vientos superficiales más fuertes del sistema solar. La mayor parte de la energía que alimenta estos vientos proviene del propio planeta.
En comparación con cualquiera de los planetas gigantes gaseosos, la atmósfera de la Tierra es un charco de serenidad. En Júpiter, los vientos en la Pequeña Mancha Roja alcanzan los 618 kilómetros por hora (384 millas por hora), que es casi el doble de rápido que los vientos del huracán terrestre más feroz. En Saturno, los vientos en la atmósfera superior pueden soplar casi tres veces más fuerte que eso, a 1.800 kilómetros por hora (1.118 millas por hora). Incluso estos vientos pasan a un segundo plano frente a los que se encuentran cerca de la Gran Mancha Oscura de Neptuno, que los astrónomos han registrado a 1.931 kilómetros por hora (1.200 millas por hora).
Al igual que Júpiter y Saturno, Neptuno genera más energía de la que recibe del sol, y esta energía que irradia el núcleo del planeta es lo que impulsa los fuertes vientos superficiales. Júpiter irradia energía sobrante de su formación, y la energía que irradia Saturno es en gran parte el resultado de la fricción producida por la lluvia de helio. En Neptuno, una capa de metano, que es un gas de efecto invernadero, atrapa el calor. Si el planeta fuera como Urano (que carece de una fuente de energía interna), ese calor se habría irradiado al espacio hace mucho tiempo. En cambio, aunque las temperaturas son frías, el planeta irradia 2,7 veces más calor del que recibe del sol, lo que es suficiente para impulsar sus feroces vientos.