A diferencia de los lagos y estanques, los ríos son sistemas abiertos, donde se producen frecuentes intercambios de agua. A pesar de este hecho, los organismos que dependen de los ríos requieren cierto equilibrio. Varios indicadores dan una medida de la calidad de un río. Estas medidas incluyen oxígeno disuelto, temperatura y pH, que es una medida de la concentración de iones de hidrógeno.
La escala para medir el pH va de 0 a 14, donde 7 o menos representa un ambiente ácido, y una lectura superior a 7 indica un ambiente alcalino.
Un estudio publicado en la revista Nature relacionó directamente la acidez en los ríos y lagos noruegos con la lluvia ácida, que diezmó las poblaciones locales de salmón y trucha.
Los niveles bajos de pH causan la muerte de los peces al estresar los sistemas animales y causar daños físicos, lo que a su vez los hace más vulnerables a las enfermedades.
Otros factores externos que pueden causar fluctuaciones en el pH del río incluyen escorrentía agrícola, mina ácida drenaje (AWD) y emisiones de combustibles fósiles como dióxido de carbono, que crea un ácido débil cuando se disuelve en el río agua.
La prueba de los niveles de pH indica la acidez o alcalinidad de una muestra. Los ríos tienen cierta capacidad para prevenir cambios en el pH por la estructura y composición del lecho del río. Sin embargo, los cambios drásticos en el pH pueden tener efectos perjudiciales sobre la salud del río.