Πώς να μετρήσετε τις αποικίες στη μικροβιολογία

Ένας από τους κλασικούς τρόπους προσδιορισμού της συγκέντρωσης μικροβίων σε ένα δείγμα είναι η αραίωση του δείγματος, η ανάπτυξη των μικροβίων σε πλάκες και η μέτρηση των αποικιών. Τα επιχρισμένα μικρόβια αναπτύσσονται από μια μονάδα σχηματισμού αποικίας που αποτελείται από ένα ή περισσότερα κύτταρα σε μια ορατή αποικία που μπορεί να δει και να μετρηθεί. Τα βακτήρια είναι το πιο συνηθισμένο μικρόβιο που αξιολογείται χρησιμοποιώντας τον αριθμό των πλακών. Οι μετρήσεις αποικιών χρησιμοποιούνται για τον εντοπισμό και την καταμέτρηση μικροβίων στο έδαφος, το νερό και τα τρόφιμα. Τα πρωτόκολλα για τον υπολογισμό των αποικιών δίνουν έμφαση σε μια ακριβή και μεθοδική προσέγγιση.

Εάν απλώς επιχρίσετε ένα δείγμα μικροβίου σε μια πλάκα άγαρ, θα δείτε τόσες πολλές μονάδες σχηματισμού αποικιών που θα συνδυάζονται οι μεμονωμένες αποικίες, καθιστώντας τις αδύνατες να μετρηθούν. Για να λύσετε αυτό το πρόβλημα, αναμίξτε το δείγμα σε υγρό μέσο, ​​πάρτε μια μικρή ποσότητα αυτού του μείγματος και αραιώστε το περαιτέρω. Επαναλάβετε αυτήν τη διαδικασία έξι έως 10 φορές. Απλώστε την τελική αραίωση σε ένα πιάτο άγαρ και επωάστε το για τέσσερις έως επτά ημέρες πριν μετρήσετε τις αποικίες.

Το πρωταρχικό κόλπο στην καταμέτρηση αποικιών είναι να μετράτε κάθε κουκκίδα αποικίας μία φορά. Μια προσέγγιση είναι να ρυθμίσετε το τρυβλίο Petri σε φόντο πλέγματος και να μετρήσετε τις αποικίες σε κάθε κελί πλέγματος, κινώντας με μεθοδικό μοτίβο σε όλα τα κελιά. Η σήμανση των απομετρημένων αποικιών στο πίσω μέρος του τρυβλίου Petri μπορεί επίσης να είναι μια χρήσιμη προσέγγιση. Γενικά, θα πρέπει να μετράτε τουλάχιστον τρεις πλάκες. Χρησιμοποιείτε μόνο πλάκες που περιέχουν 30 έως 300 αποικίες για να κάνετε ισχυρά συμπεράσματα, προτείνει το δίκτυο μικροβιολογίας, μια εταιρεία που παρέχει συμβουλευτικές υπηρεσίες σε εργαστήρια και κατασκευαστές. Πλάκες με αποικίες που είναι πάρα πολλές για να μετρηθούν ή με πολύ λίγες αποικίες πρέπει να ξαναεπικαλυφθούν από μια νέα αραίωση.

Το ανθρώπινο λάθος προσθέτει στον χρόνο που απαιτείται για τον υπολογισμό των αποικιών με μη αυτόματο τρόπο. Για να βελτιώσετε την ακρίβεια και την απόδοση, τοποθετήστε το τρυβλίο Petri σε μια αυτόματη συσκευή καταμέτρησης αποικιών. Οι αυτοματοποιημένοι μετρητές αποικιών τραβούν μια εικόνα του πιάτου, διαχωρίζουν τις αποικίες από το φόντο και στη συνέχεια χρησιμοποιήστε έναν αλγόριθμο για να μετρήσετε τις αποικίες στην πλάκα. Οι αλγόριθμοι μπορεί να έχουν δυσκολίες στη διαφοροποίηση των αποικιών όταν δύο ή περισσότερες αποικίες αγγίζουν τα άκρα, οπότε αυτός είναι ένας τομέας συνεχούς ανάπτυξης λογισμικού.

Η ακρίβεια του υπολογισμού της πυκνότητας μικροβίων από τον αριθμό των αποικιών έχει κάποιους περιορισμούς. Οι μονάδες σχηματισμού αποικιών μπορούν να είναι ένα μόνο κύτταρο, μια αλυσίδα κυττάρων ή μια ολόκληρη συστάδα κυττάρων. Η υπόθεση είναι ότι μια αποικία αντιπροσωπεύει ένα κελί, έτσι οι συγκεντρώσεις που υπολογίζονται από τον αριθμό των αποικιών μπορεί να είναι χαμηλές. Διαφορετικά μικρόβια χρειάζονται διαφορετικές συνθήκες ανάπτυξης, και οι αποικίες στην πλάκα αντιπροσωπεύουν μόνο εκείνα τα μικρόβια που ευδοκιμούν σε αυτό το μέσο ανάπτυξης υπό αυτές τις συνθήκες επώασης. Επιπλέον, η καταμέτρηση αποικιών δεν καταγράφει τα νεκρά κελιά, ένα σημαντικό ζήτημα όταν χρειάζεστε τη συγκέντρωση των κελιών στο αρχικό δείγμα.