Ένας φυσικός υγρότοπος είναι ένα σύνθετο οικοσύστημα. Όπως και άλλα οικοσυστήματα, είτε στη γη είτε στο νερό, πολλοί παράγοντες επηρεάζουν τη μορφή και τη λειτουργία των υγροτόπων. Τόσο οι βιοτικοί όσο και οι αβιοτικοί παράγοντες και διαδικασίες είναι αναπόσπαστα στο φυσικό οικοσύστημα υγροτόπων. Ο όρος «βιοτικό» αναφέρεται σε ζωντανά πλάσματα. Ο όρος «αβιοτικός» αναφέρεται στα υλικά, τις διαδικασίες ή τους παράγοντες που δεν ζουν.
Νερό
Το ίδιο το νερό είναι ίσως ο βασικός αβιοτικός παράγοντας στους φυσικούς υγρότοπους. Αν και είναι απαραίτητο για όλες σχεδόν τις βιολογικές διεργασίες, το ίδιο το νερό δεν ζει και μπορεί να συμβεί ανεξάρτητα από τα ζωντανά. Σε φυσικούς υγρότοπους, το νερό είναι το μέσο στο οποίο υπάρχει και λειτουργεί ολόκληρο το οικοσύστημα. Οι υγρότοποι σε περιοχές που έχουν παγετώσει στο παρελθόν - με τη μορφή τεράστιων φύλλων πάγου - μπορεί να οφείλονται στις αρχές τους στις ισχυρές γλυπτικές επιδράσεις του παγετώνα. Έτσι, ακόμη και το νερό σε αυτή τη δραματικά διαφορετική μορφή ήταν ένας σημαντικός παράγοντας για την ανάπτυξη των υγροτόπων.
Αέρας
Σε αντίθεση με το νερό, ο αέρας αποτελείται από περισσότερες από μία χημικές ενώσεις. Το οξυγόνο, το άζωτο, το διοξείδιο του άνθρακα και πολλές άλλες αέριες ουσίες σχηματίζουν τη χημική σύνθεση του αέρα. Ο αέρας, ειδικά το οξυγόνο που περιέχεται σε αυτόν, είναι ένας άλλος κρίσιμος αβιοτικός παράγοντας σε φυσικούς υγρότοπους. Σχεδόν οποιοδήποτε υγρότοπο οικοσύστημα διαθέτει πολλά είδη φυτών και ζώων. Τα πράσινα φυτά χρησιμοποιούν διοξείδιο του άνθρακα από τον αέρα. με τη σειρά τους, απελευθερώνουν οξυγόνο ως απόβλητο προϊόν. Τα ζώα κάνουν το αντίστροφο. Παίρνουν και χρησιμοποιούν οξυγόνο και εκπέμπουν διοξείδιο του άνθρακα ως απόβλητο. Αν και υπάρχουν οργανισμοί που μπορούν και ζουν και αναπτύσσονται απουσία οξυγόνου, η συντριπτική πλειονότητα των μορφές ζωής σε έναν φυσικό υγρότοπο - τόσο κάτω από το νερό όσο και πάνω από την επιφάνειά του - απαιτούν οξυγόνο από το αέρας.
Ηλιακό φως
Το φως από τον ήλιο είναι ένας ουσιαστικός αβιοτικός παράγοντας στους φυσικούς υγρότοπους. Το φως του ήλιου παρέχει την ενέργεια που τα φυτά χρειάζονται για να πραγματοποιήσουν τη φωτοσύνθεση. Η ίδια ενέργεια μεταδίδεται σε άλλους οργανισμούς στον υγρότοπο μέσω της τροφικής αλυσίδας ή του ιστού τροφίμων. Και η θερμοκρασία, φυσικά, είναι ένας αβιοτικός παράγοντας που σχετίζεται άμεσα με την ποσότητα ενέργειας που λαμβάνει ο υγρότοπος από τον ήλιο.
Μεταλλικά στοιχεία
Κάτω από το νερό, στο κάτω μέρος ενός φυσικού υγρότοπου, υπάρχουν ιζηματογενή υλικά διαφόρων ειδών. Μεγάλο μέρος αυτού του υλικού είναι οργανικό ή βιοτικό και προέρχεται από τα αποσυντιθέμενα υπολείμματα ζωντανών οργανισμών στον υγρότοπο. Αλλά υπάρχει επίσης ένα ορυκτό συστατικό σε αυτό το ιζηματογενές υλικό. Ορυκτά σωματίδια διαφόρων ειδών και μεγεθών αναμιγνύονται με το οργανικό υλικό. Όπως και στα χερσαία οικοσυστήματα, τα φυτά στον φυσικό υγρότοπο πρέπει να λαμβάνουν αβιοτικά ορυκτά θρεπτικά συστατικά για να ζήσουν και να αναπτυχθούν. Και τα ορυκτά δεν περιορίζονται στα ιζήματα του πυθμένα. Μπορούν να διαλυθούν απευθείας στο νερό, όπου σχηματίζουν ένα πολύπλοκο φυσικό χημικό μείγμα που επηρεάζει παράγοντες όπως το pH, ένα μέτρο της οξύτητας στο νερό.
Πετρώματα
Εκτός από τα σχετικά μικρά σωματίδια ορυκτών ιζημάτων, υπάρχουν συχνά μεγαλύτεροι βράχοι διαφόρων μεγεθών και ειδών σε υγρότοπους. Είτε ένα τεράστιο, συνεχές στρώμα βράχου που βρίσκεται κάτω από τον υγρότοπο και σχηματίζει τη βάση του, ή σχετικά μικρότερο βράχοι που βρίσκονται κάτω από το νερό ή προεξέχουν πάνω από την επιφάνεια, οι βράχοι αποτελούν σημαντικό αβιοτικό παράγοντα σε πολλούς υγρότοποι. Εκτός από την παροχή υποστρωμάτων για τα φυτά και τα ζώα είτε να μεγαλώνουν είτε να περνούν πάνω σε βράχους φυσικές καιρικές διεργασίες - σταδιακά διαλύονται και παρέχουν ορυκτά θρεπτικά συστατικά στον υγρότοπο οικοσύστημα.