Οι Φιλιππίνες είναι μια χώρα πλούσια σε βιοποικιλότητα και ενδημία, με πολλούς φυσικούς πόρους που συμβάλλουν στην οικονομία και τις τοπικές κοινότητες. Οι ακτές και οι παράκτιοι βιότοποί της έχουν ιδιαίτερη σημασία, με την αλιεία, τη γεωργία και τη βιομηχανία να εξαρτώνται από τις πλωτές οδούς και το θαλάσσιο περιβάλλον της χώρας. Οι απειλές για την απώλεια οικοτόπων και βιοποικιλότητας προέρχονται από διάφορες πρακτικές, όπως η εκκαθάριση γης, η μη βιώσιμη αλιεία και η ρύπανση.
Απώλεια δασικής κάλυψης
Μεταξύ του 2000 και του 2005, οι Φιλιππίνες έχασαν λίγο περισσότερο από το 2% της δασικής τους κάλυψης ετησίως. Αυτό ήταν το δεύτερο υψηλότερο ποσοστό στη Νοτιοανατολική Ασία. Από το 2005 πιστεύεται ότι παρέμεινε μόλις το 3% του πρωτογενούς δάσους. Η ταχεία αποψίλωση των δασών οδηγεί σε διάφορες απειλές για το οικοσύστημα, όπως απώλεια βιοποικιλότητας, διάβρωση του εδάφους, πλημμύρες, κατολισθήσεις και μειωμένη ποιότητα νερού. Τα δάση απειλούνται από εμπορική εξόρυξη και υλοτομία.
Υποβάθμιση των κοραλλιογενών υφάλων
Οι Φιλιππίνες είναι ένα παγκόσμιο κέντρο για τη βιοποικιλότητα των θαλάσσιων ακτών. Η παράνομη συλλογή και εξαγωγή κοραλλιών και ζωντανών ψαριών υφάλου έχει οδηγήσει σε σημαντικές επιζήμιες επιπτώσεις στη βιοποικιλότητα, στην κατάσταση των κοραλλιογενών υφάλων, στην κάλυψη των θαλάσσιων χόρτων και στον αριθμό ψαριών. Μόνο το 5 τοις εκατό των υφάλων διατηρεί πάνω από 75 τοις εκατό ζωντανή κάλυψη κοραλλιών. Οι καταστροφικές αλιευτικές πρακτικές περιλαμβάνουν την υπεραλίευση, την αλιεία με τράτα, την αλιεία δυναμίτη και την αλιεία με κυανιούχα, όπου το κυανίδιο διαλύεται στο νερό και διοχετεύεται σε ύφαλους, ενώ άλλες απειλές προέρχονται από τη ρύπανση και διάβρωση.
Απειλές για Μαγκρόβια
Οι απειλές για τα μαγκρόβια περιλαμβάνουν την υπερβολική συγκομιδή, τη ρύπανση και την εκκαθάριση γης για τη γεωργία και τον ανθρώπινο οικισμό. Η εκτροφή γαρίδων έχει ως αποτέλεσμα σχεδόν μη αναστρέψιμες και οικονομικά δαπανηρές ζημιές στην περιοχή, η οποία είναι ακόμη πιο ανησυχητική, διότι οι εκμεταλλεύσεις γαρίδων γίνονται μη κερδοφόρες μετά από μόλις τρία έως πέντε χρόνια. Η καταστροφή μαγγροβίων συνδέεται επίσης με την υποβάθμιση των κοραλλιογενών υφάλων, καθώς οι ύφαλοι προστατεύουν τα μαγγρόβια από ισχυρά κύματα και ρεύματα που ξεπλένουν το λεπτό ίζημα στο οποίο μεγαλώνουν τα μαγγρόβια.
Απώλεια βιοποικιλότητας
Οι Φιλιππίνες θεωρείται χώρα με μεγάλη βιοποικιλότητα. Έχει πολλή μοναδική χλωρίδα και πανίδα. Στην πραγματικότητα, σχεδόν το ήμισυ των χερσαίων σπονδυλωτών του και έως και το 60 τοις εκατό των αγγειακών φυτών του είναι μοναδικά για τη χώρα. Το ποσοστό απώλειας βιοποικιλότητας αντικατοπτρίζεται σε ορισμένα συγκλονιστικά ευρήματα. Από το 2006, λίγο περισσότερο από το 20 τοις εκατό των σπονδυλωτών ειδών αξιολογήθηκε ως απειλή από τη Διεθνή Ένωση για τη Διατήρηση της Φύσης. Περίπου 127 είδη πτηνών θεωρούνται απειλούμενα και ο ιθαγενής κοκατόπουλος των Φιλιππίνων, κάποτε διαδεδομένος, τώρα κινδυνεύει πολύ.