Πολύ λίγα βακτήρια παράγουν ενδοσπόρια. Μόνο μερικά από αυτά τα είδη στο Firmicute phylum παράγουν ενδοσπόρια, τα οποία είναι μη αναπαραγωγικές δομές που περιέχουν DNA και ένα μέρος του κυτταροπλάσματος. Τα ενδοσπόρια δεν είναι αληθινά σπόρια, καθώς δεν είναι απόγονοι του βακτηρίου. Τα ενδοσπόρια σχηματίζονται όταν τα βακτήρια υπόκεινται σε ακραίες ή δυσμενείς περιβαλλοντικές συνθήκες. Μπορούν να επιβιώσουν για μεγάλα χρονικά διαστήματα ακόμη και όταν λιμοκτονούν τροφή και όταν εκτίθενται σε χημικές ουσίες και θερμοκρασίες που θα σκότωναν κανονικά τα βακτήρια.
Βακτήρια Βακίλλου
Τα βακτήρια του γένους Bacillus είναι τα πιο συχνά μελετημένα από όλα τα βακτήρια που παράγουν ενδοσπόρια. Τα βακτήρια του βακίλλου είναι διαφορετικά και ευδοκιμούν σε πολλά διαφορετικά περιβάλλοντα. Τα ενδοσπόρια αυτού του βακτηρίου είναι πολύ τοξικά για πολλούς οργανισμούς, συμπεριλαμβανομένων των ανθρώπων. Το παθογόνο Bacillus anthracis είναι μια πολύ γνωστή τοξίνη που έχει χρησιμοποιηθεί τόσο από επιστήμονες όσο και από τρομοκράτες. Ωστόσο, υπάρχουν πολλά άλλα είδη Bacillus.
Βακτήρια Clostridium
Όπως και άλλα είδη βακτηρίων που παράγουν ενδοσπόρια, τα βακτήρια Clostridium είναι θετικά κατά gram, υποδηλώνοντας ότι έχουν παρόμοια χαρακτηριστικά όπως η δομή των κυτταρικών τοιχωμάτων. Τα θετικά κατά Gram βακτήρια είναι ευαίσθητα στα ίδια ή στενά συγγενή αντιβιοτικά. Τα βακτήρια στο γένος Clostridium είναι υπεύθυνα για ένα ευρύ φάσμα ανθρώπινων ασθενειών, που κυμαίνονται από ήπια τροφική δηλητηρίαση έως αλλαντίαση, καθώς και τετάνου και αερίου γάγγραινα.
Βακτήρια Desulfotomaculum
Παρόμοια με άλλα βακτήρια που παράγουν ενδοσπόρια, τα βακτήρια στο γένος Desulfotomaculum είναι επίσης υπεύθυνα για την καταστροφή των τροφίμων και τις ασθένειες. Τα βακτηρίδια Desulfotomaculum μπορούν να προκαλέσουν χαλάρωση των κακών κονσερβοποιημένων τροφίμων. Όπου βρίσκονται σε αφθονία, παράγουν μια δυσάρεστη μυρωδιά θείου.